Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 AICDA-201ENST00000229335 2819 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 NFKB2-203ENST00000369966 3101 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 DNAJB1-201ENST00000254322 2264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 DOK5-201ENST00000262593 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 AC112693.3-201ENST00000624819 1983 ntBASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 TNS2-201ENST00000314250 5010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 AC005329.3-201ENST00000626781 1366 ntTSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 UPF3B-202ENST00000345865 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 SAFB-202ENST00000454510 2650 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 LPO-210ENST00000582328 2680 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 NTNG1-208ENST00000370074 3048 ntTSL 1 (best) BASIC17.64■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 METTL25-201ENST00000248306 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 NAALADL1-203ENST00000356632 2118 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 BABAM1-201ENST00000359435 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 ESRP2-202ENST00000473183 3793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 TMEM30B-202ENST00000555868 4471 ntAPPRIS P1 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 TCP11L1-201ENST00000334274 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 DOK3-203ENST00000377112 1884 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 PAK1-210ENST00000528203 1878 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 HTR3A-203ENST00000375498 2235 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 PIK3R1-211ENST00000521381 7011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 ZNF831-201ENST00000371030 9401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 CCDC90B-202ENST00000455220 1550 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 SLC38A11-202ENST00000409058 1647 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 KLHDC2-206ENST00000554589 1641 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 CUL3-201ENST00000264414 6741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 MRNIP-201ENST00000292586 1238 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 PHPT1-202ENST00000371661 985 ntTSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 RBM17P3-201ENST00000417687 1192 ntBASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 SNHG6-201ENST00000520348 648 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 IGLL5-201ENST00000526893 1050 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 IGLL5-202ENST00000531372 882 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 EFCAB11-211ENST00000556609 568 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 AC021739.5-201ENST00000558637 494 ntTSL 3 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 SRSF1-209ENST00000585096 568 ntTSL 4 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 AZGP1-202ENST00000411734 2027 ntTSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 IRF5-215ENST00000619830 1652 ntTSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 C1QTNF2-201ENST00000393975 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 CHST5-201ENST00000336257 3245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 ANKRD18A-201ENST00000399703 4041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 CNOT8-201ENST00000285896 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 UBR5-212ENST00000521922 9008 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 AGT-201ENST00000366667 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 CHRNG-202ENST00000389494 2262 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 GLMP-214ENST00000614643 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.63■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 NXF1-213ENST00000532297 2795 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 GMPPA-204ENST00000373908 1501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 PTK7-210ENST00000471863 2412 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 RPTOR-201ENST00000306801 6408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 GPN1-201ENST00000264718 2496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 GNRHR2-201ENST00000312753 1599 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 ARC-201ENST00000356613 2948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 TTLL3-213ENST00000430793 2097 ntTSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 UCP2-201ENST00000310473 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 ST3GAL3-209ENST00000361400 2195 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 ARHGAP23-221ENST00000620417 3663 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 GSKIP-205ENST00000555181 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 MTERF2-201ENST00000240050 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 MRPL28-201ENST00000199706 1098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 OPN1LW-201ENST00000369951 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 SDR39U1-201ENST00000399395 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 TMEM210-201ENST00000413619 873 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 MMP24-AS1-209ENST00000456790 712 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 AC021097.1-201ENST00000607902 574 ntBASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 CYP1B1-AS1-214ENST00000620177 554 ntTSL 4 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 ATP6AP2-220ENST00000636970 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 FLAD1-205ENST00000368431 1803 ntTSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 CCDC130-204ENST00000586600 1922 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 GTPBP8-208ENST00000619116 1378 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 RNF145-212ENST00000611185 3624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 APBB1-207ENST00000529519 1442 ntTSL 5 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 SOX7-201ENST00000304501 3216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 HYAL2-201ENST00000357750 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 RBM47-203ENST00000381795 4473 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 FOXRED2-201ENST00000216187 3933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 NEK5-204ENST00000617045 2127 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 RPS5-202ENST00000596046 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 ARPC5-201ENST00000294742 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 NSUN5-203ENST00000428206 2269 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 LINC00839-202ENST00000429940 2253 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 KIFC3-207ENST00000543930 3018 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 CCDC6-201ENST00000263102 5811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 ACTL6A-203ENST00000450518 1750 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 C18orf15-201ENST00000623680 2534 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 APOLD1-201ENST00000326765 4724 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 PRDM15-201ENST00000269844 4881 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 SLC38A10-202ENST00000374759 4300 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 LGALS1-201ENST00000215909 560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 CMTM1-204ENST00000336328 606 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 PIP5K1A-202ENST00000368888 2134 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 TRAPPC3-202ENST00000373162 1056 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 CD99-202ENST00000381180 530 ntTSL 2 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 GNB1L-203ENST00000405009 1076 ntTSL 1 (best) BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 TSPY19P-201ENST00000418461 509 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 SBDSP1-202ENST00000423945 618 ntTSL 3 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 TSPY18P-201ENST00000441642 509 ntBASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 AC004975.2-201ENST00000442017 565 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
CCDC112Q8NEF3 NCBP2-AS1-201ENST00000447775 562 ntTSL 5 BASIC17.61■□□□□ 0.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.1 ms