Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 EIF4G1-202ENST00000346169 5516 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 HTR5BP-201ENST00000430851 1154 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 AL592309.1-201ENST00000443127 649 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 MAPKAPK3-203ENST00000446044 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 TMUB1-204ENST00000476627 882 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 KIAA0930-215ENST00000496226 589 ntTSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 NAA38-207ENST00000576861 556 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 AC073263.1-201ENST00000616370 494 ntTSL 3 BASIC18.75■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 ATG9A-205ENST00000409618 4025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 MXD1-201ENST00000264444 5587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFV1-201ENST00000322776 1596 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 LMNA-203ENST00000368297 1679 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 CACNA2D2-203ENST00000423994 5329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.75■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF252P-AS1-201ENST00000527067 3236 ntBASIC18.75■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 FOXRED1-201ENST00000263578 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 STIP1-201ENST00000305218 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 CREB3L2-204ENST00000456390 2360 ntTSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 TYSND1-202ENST00000335494 3397 ntTSL 1 (best) BASIC18.75■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 SIK3-201ENST00000375300 6213 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.75■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 CRLF2-203ENST00000400841 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 PPHLN1-201ENST00000256678 1820 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 UNC13A-205ENST00000551649 6052 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 DEGS1-201ENST00000323699 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 PCED1B-202ENST00000546455 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 RUNX1-201ENST00000300305 6222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 ATP2A3-205ENST00000397041 4675 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 MCFD2-201ENST00000319466 4182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 DAAM2-211ENST00000633794 3871 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 MON2-201ENST00000393629 5612 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 KAT7-210ENST00000509773 1774 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 NKX2-6-201ENST00000325017 906 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01121-201ENST00000378479 1095 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 AL136988.1-201ENST00000414640 1029 ntTSL 3 BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM91-205ENST00000436170 864 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 NTMT1-205ENST00000459968 1123 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 AC122138.1-201ENST00000508799 646 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 POLD2P1-201ENST00000511220 997 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 AP000763.4-201ENST00000544674 752 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 MTDHP5-201ENST00000598980 586 ntBASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 PSMD2-201ENST00000310118 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 UBAC2-202ENST00000376440 2525 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 CNDP1-201ENST00000358821 2215 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 ABHD16A-201ENST00000395952 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 PPP1R26-206ENST00000605660 4502 ntAPPRIS P1 BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 CXCL6-201ENST00000226317 1718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 MAGI3-204ENST00000369617 3911 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 LMF2-201ENST00000216080 2658 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 COX11-201ENST00000299335 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 AC010619.2-201ENST00000595815 1421 ntTSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 PSD-201ENST00000020673 4183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 AC112484.1-201ENST00000508239 2291 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 RHD-207ENST00000454452 1303 ntTSL 1 (best) BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 IVL-201ENST00000368764 2153 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.74■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 COL17A1-202ENST00000369733 5488 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 FBXO45-202ENST00000440469 3689 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 ABTB1-202ENST00000453791 1961 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 NR4A3-204ENST00000618101 5706 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 LYPLA1-214ENST00000618741 2526 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 LINC02495-201ENST00000508601 4167 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 TPCN1-201ENST00000335509 5274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 DNAJC7-201ENST00000316603 1468 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 ASTN2-201ENST00000288520 2356 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 MAD1L1-203ENST00000402746 2355 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 LCE1A-201ENST00000335123 422 ntAPPRIS P1 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 METTL26-202ENST00000338401 544 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 GPX7-201ENST00000361314 1228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 HCCS-203ENST00000380763 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 MRPL28-202ENST00000389675 865 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 PTGES3-204ENST00000448157 1017 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 AC099552.3-201ENST00000454149 367 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 MIR130B-201ENST00000498589 1093 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 AC105202.1-202ENST00000522060 834 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 GALNT9-208ENST00000541995 1001 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 KIRREL3-AS1-201ENST00000548204 586 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 RARRES2P9-201ENST00000565168 469 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 AC087392.4-201ENST00000574560 486 ntTSL 3 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 MIF4GD-205ENST00000578305 569 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 AC009630.3-201ENST00000581909 729 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 KLK3-204ENST00000593997 1035 ntTSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 AC097359.3-201ENST00000603982 1210 ntBASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 LINC00466-208ENST00000635218 1217 ntTSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 CNKSR1-201ENST00000361530 2625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 COX10-201ENST00000261643 2873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 FAM208B-201ENST00000328090 8626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 SLC22A16-202ENST00000368919 1987 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 ABCA1-203ENST00000423487 1540 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 TSC2-201ENST00000219476 6156 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 ZBTB37-203ENST00000367704 2323 ntTSL 2 BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 COQ10A-202ENST00000433805 1410 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 SPAG1-202ENST00000388798 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.73■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP26-202ENST00000378004 9200 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 MDGA1-203ENST00000434837 10736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 MAGI1-216ENST00000497477 3555 ntTSL 5 BASIC18.72■□□□□ 0.59
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01136-203ENST00000457348 2539 ntTSL 2 BASIC18.72■□□□□ 0.59
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.3 ms