Protein–RNA interactions for Protein: Q96RU2

USP28, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 28, humanhuman

Predictions only

Length 1,077 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP28Q96RU2 FXYD1-211ENST00000612146 690 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 CNDP1-201ENST00000358821 2215 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 RNF25-201ENST00000295704 1914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 PPHLN1-201ENST00000256678 1820 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 NFATC4-213ENST00000554591 2893 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 NID2-208ENST00000617139 3827 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 UXT-AS1-201ENST00000590504 1525 ntBASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 DPP6-205ENST00000427557 2388 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 CALCB-202ENST00000523376 2258 ntTSL 2 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 RHD-207ENST00000454452 1303 ntTSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 CORO1A-208ENST00000565497 1348 ntTSL 5 BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 PPP2R5D-208ENST00000485511 3044 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.23■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 PML-215ENST00000565898 5393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 ABTB1-202ENST00000453791 1961 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 CYP4F22-201ENST00000269703 2641 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 TPBG-202ENST00000535040 3392 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 EPS8L2-223ENST00000533256 3266 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 RNASE4-203ENST00000555835 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 AC004834.1-201ENST00000640784 2412 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 C17orf74-201ENST00000333870 1651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 ELP4-219ENST00000639878 1583 ntTSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 DNAJC7-201ENST00000316603 1468 ntTSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 CSNK1A1-202ENST00000377843 2559 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 CALR-201ENST00000316448 1903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 TMEM147-201ENST00000222284 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 ZNF746-201ENST00000340622 3806 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 GAR1-202ENST00000394631 1011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 SELENOM-202ENST00000402395 1054 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 HTR5BP-201ENST00000430851 1154 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 AL592309.1-201ENST00000443127 649 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 ACTG1P14-201ENST00000446382 1122 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 ELOF1-204ENST00000587806 1172 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 AL450472.2-201ENST00000603663 1156 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 AC073263.1-201ENST00000616370 494 ntTSL 3 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 DDX1-201ENST00000233084 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 CHTF18-205ENST00000455171 3172 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 REPIN1-209ENST00000479668 3182 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 DCBLD1-202ENST00000338728 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 STAU2-219ENST00000522509 2173 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 LINC02228-204ENST00000642115 2962 ntBASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 FOXRED1-201ENST00000263578 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 MED16-207ENST00000589119 2772 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 ZBTB37-203ENST00000367704 2323 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 SGK3-211ENST00000522398 3106 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 PRRG2-201ENST00000246794 1404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 LHX5-201ENST00000261731 2939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 MAD1L1-203ENST00000402746 2355 ntTSL 2 BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 MTFMT-201ENST00000220058 2734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.22■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 INPP5K-204ENST00000421807 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 SGK2-206ENST00000423407 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 ATG4B-205ENST00000404914 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 CIAPIN1-207ENST00000565961 1814 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 TRIM17-205ENST00000456946 1731 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 MBNL1-201ENST00000282486 6422 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 HTR3A-203ENST00000375498 2235 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 MED17-201ENST00000251871 5142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 STK33-217ENST00000534493 1895 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 CTSD-201ENST00000236671 2123 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 RPS17-201ENST00000330244 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 CD82-202ENST00000342935 967 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 MOB1B-202ENST00000396051 1107 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 AC093151.3-201ENST00000425554 623 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 MKNK2P1-201ENST00000437526 628 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 AC097532.1-201ENST00000440802 322 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 PHKG1P2-201ENST00000457537 863 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 MLF1-206ENST00000471745 1266 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 PAEP-208ENST00000479141 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 MAGEA8-204ENST00000535454 2112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 HNRNPUP1-201ENST00000554987 333 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 NAA38-207ENST00000576861 556 ntTSL 3 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 KLK3-204ENST00000593997 1035 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 AC097359.3-201ENST00000603982 1210 ntBASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 CHMP4A-211ENST00000609024 735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 GAK-222ENST00000618573 1248 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 LINC00466-208ENST00000635218 1217 ntTSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 RCOR3-203ENST00000419091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 CLSTN1-201ENST00000361311 4647 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 RASA1-201ENST00000274376 3752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 MFSD14B-201ENST00000375344 3420 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 ELFN1-201ENST00000424383 3845 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 CDC42BPG-201ENST00000342711 5742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.51
USP28Q96RU2 SMAP1-202ENST00000370452 2491 ntTSL 2 BASIC18.21■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 REPIN1-201ENST00000397281 3292 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 ABHD16A-201ENST00000395952 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 CRLF2-203ENST00000400841 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 EDN3-201ENST00000311585 2655 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 AL513477.1-201ENST00000602865 2407 ntBASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 STIP1-201ENST00000305218 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 PXN-201ENST00000228307 3785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 FAM83G-202ENST00000388995 5266 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 EPS8L2-218ENST00000530636 2469 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 DIO3OS-208ENST00000556120 2473 ntTSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 LMNA-203ENST00000368297 1679 ntTSL 2 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 CD37-201ENST00000323906 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 YIF1B-201ENST00000329420 964 ntTSL 3 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 FIGLA-201ENST00000332372 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 C11orf88-201ENST00000332814 795 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.2■□□□□ 0.5
USP28Q96RU2 CGB3-201ENST00000357383 877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.2■□□□□ 0.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.9 ms