Protein–RNA interactions for Protein: O43196

MSH5, MutS protein homolog 5, humanhuman

Predictions only

Length 834 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSH5O43196 TRPC6-202ENST00000348423 2448 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH5O43196 RIC8B-203ENST00000392839 2440 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH5O43196 EGLN2-207ENST00000593726 2821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
MSH5O43196 ELK1-203ENST00000376983 2258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 IMPA1-201ENST00000256108 2690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 PPOX-202ENST00000367999 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 MRI1-201ENST00000040663 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 AL021707.2-203ENST00000444381 1325 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 GCDH-201ENST00000222214 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 ABTB1-202ENST00000453791 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 PLEKHA4-202ENST00000355496 2614 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 GRAMD2B-217ENST00000515200 3109 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 AIFM2-201ENST00000307864 3243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 MAP7D1-204ENST00000373151 3324 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 CDC14A-202ENST00000361544 2417 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 DCTN6-201ENST00000221114 1127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 NME5-201ENST00000265191 1198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 PPIB-201ENST00000300026 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 C1orf53-201ENST00000367393 588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 EQTN-202ENST00000380032 1033 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 AF130351.1-202ENST00000400562 808 ntAPPRIS P5 TSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 PGAP1-203ENST00000409188 1246 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 CTDSP1-204ENST00000443891 1109 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 FDX1P2-201ENST00000450769 375 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 AC008799.2-201ENST00000484429 647 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 NMU-203ENST00000507338 658 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 AC034243.1-201ENST00000520838 587 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 LINC02553-201ENST00000529088 734 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 NRK-203ENST00000536164 908 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 B2M-202ENST00000544417 933 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 AC022022.2-201ENST00000602989 360 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 AL390955.2-201ENST00000603032 514 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 POLR2F-213ENST00000606538 760 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 COLCA2-204ENST00000610738 975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 AP002967.1-201ENST00000624203 539 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 COLCA2-206ENST00000638573 1080 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 MGME1-201ENST00000377704 1781 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 GALNT18-201ENST00000227756 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 PABPC4-202ENST00000372857 3048 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 JMJD6-202ENST00000397625 1603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 AC079328.2-201ENST00000561241 3354 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 SLC39A8-202ENST00000394833 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 RALGPS1-203ENST00000373434 2466 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 PPP1R7-202ENST00000272983 1954 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 LONRF1-201ENST00000398246 3594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 RDH8-203ENST00000591589 1715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
MSH5O43196 KCNQ2-202ENST00000344462 2750 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 ATP6AP2-214ENST00000636287 1904 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 PPP2R5D-202ENST00000394110 2894 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 DMKN-209ENST00000429837 1447 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 CBX3P2-201ENST00000579647 1429 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 SYT14P1-202ENST00000600441 1448 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 RBPMS-204ENST00000397323 2941 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 SLC12A2-208ENST00000628403 3617 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 C1R-202ENST00000536053 2347 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 PAX4-204ENST00000463946 1613 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 TBPL1-208ENST00000613034 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 SGF29-201ENST00000317058 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 KLK8-202ENST00000320838 456 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 TRIM69-202ENST00000338264 1222 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 COPE-202ENST00000349893 948 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 PMS1-202ENST00000374826 948 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 COX5BP2-201ENST00000392354 334 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 NT5C3A-206ENST00000409787 840 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 AC005482.1-201ENST00000420758 575 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 AC006333.1-201ENST00000422401 410 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 OST4-203ENST00000456793 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 AL671883.2-201ENST00000539514 536 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 PSME1-205ENST00000559123 1033 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 LINC00520-206ENST00000560336 883 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 AC239868.4-201ENST00000608318 671 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 AC131235.4-201ENST00000609288 620 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 AC074276.2-201ENST00000619891 348 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 REXO1L3P-201ENST00000622202 1288 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 EPS8L2-201ENST00000318562 3148 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 AC006449.5-201ENST00000610658 2098 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 CYP51A1-201ENST00000003100 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 LMNB1-201ENST00000261366 2878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 GID4-202ENST00000376345 1391 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
MSH5O43196 ZXDC-202ENST00000389709 3405 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
MSH5O43196 NUDC-201ENST00000321265 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
MSH5O43196 AC005064.1-201ENST00000422488 2725 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
MSH5O43196 POLR3H-202ENST00000355209 4416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
MSH5O43196 MYCL-203ENST00000397332 3256 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
MSH5O43196 CD72-204ENST00000396757 2035 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
MSH5O43196 TRMT2A-202ENST00000403707 2928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
MSH5O43196 AC007381.1-201ENST00000457668 2005 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
MSH5O43196 LINC01097-201ENST00000627163 2122 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
MSH5O43196 PLAGL1-206ENST00000416623 3237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
MSH5O43196 DNMT3A-205ENST00000402667 2300 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH5O43196 PDGFA-203ENST00000402802 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH5O43196 PLA2R1-202ENST00000392771 5160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH5O43196 PFKFB3-215ENST00000536985 2094 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH5O43196 CLMP-201ENST00000448775 5072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH5O43196 RAD23A-201ENST00000316856 1736 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH5O43196 PRDM5-202ENST00000394435 2492 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH5O43196 ZNF131-214ENST00000509634 3340 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
MSH5O43196 TRPM2-202ENST00000300482 5989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40 ms