Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CUX1P39880 SEMA3B-204ENST00000433753 2755 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
CUX1P39880 GUCA1A-203ENST00000394237 2233 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
CUX1P39880 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 COQ8B-201ENST00000243583 2041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AC010186.2-201ENST00000575094 2612 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 ZBTB45-202ENST00000594051 2541 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 MAGEA2-204ENST00000611674 1728 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 PRTFDC1-203ENST00000376378 747 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AC114812.1-204ENST00000449669 728 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 FTLP10-202ENST00000505798 471 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 CHCHD7-211ENST00000521831 573 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 LGALS9C-215ENST00000584941 1104 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AC011495.3-201ENST00000596472 427 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 TMEM179-205ENST00000615704 636 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AL137026.1-201ENST00000624407 503 ntTSL 4 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 MEF2C-227ENST00000626391 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 CKMT1A-208ENST00000626814 1073 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 MEF2C-231ENST00000628656 1254 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AC044839.1-204ENST00000634777 1058 ntTSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 KCNJ8-201ENST00000240662 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 SHMT2-202ENST00000414700 2006 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 LDB3-208ENST00000623007 1664 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 MEN1-202ENST00000315422 3148 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 RTCA-203ENST00000370128 2535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 EPHX2-201ENST00000380476 2064 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 BAZ1A-202ENST00000360310 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 RHD-206ENST00000423810 1637 ntTSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 CALCOCO2-211ENST00000508679 1396 ntTSL 2 BASIC26.1■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 CLRN1-203ENST00000328863 738 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 KRTAP21-2-201ENST00000333892 440 ntAPPRIS P1 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 GAD1-203ENST00000375272 1252 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 IGHV3-21-201ENST00000390607 430 ntAPPRIS P1 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 PFDN6-204ENST00000395131 884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 IP6K2-205ENST00000413298 792 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 HNRNPA1P63-201ENST00000427917 963 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AL139246.4-201ENST00000442305 514 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 LINC02028-203ENST00000443776 453 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 LINC02332-201ENST00000557232 386 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AC008537.4-201ENST00000595728 1103 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AC128714.1-201ENST00000637035 887 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 ZDHHC13-202ENST00000446113 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 CHRFAM7A-203ENST00000401522 1913 ntTSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 POU4F2-201ENST00000281321 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AGGF1P2-201ENST00000426656 2106 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 GGT5-203ENST00000398292 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 NKIRAS1-203ENST00000415901 1644 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AC104457.1-201ENST00000401024 814 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 ACTG1P2-201ENST00000415776 1125 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 ACTG1P11-201ENST00000425411 1125 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 BAIAP2-205ENST00000435091 2129 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 CCDC144NL-AS1-209ENST00000577860 884 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AC243964.2-201ENST00000590796 829 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AC008763.1-201ENST00000601797 843 ntTSL 3 BASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 SPCS2P2-201ENST00000603270 608 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AF254983.2-201ENST00000612331 135 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AC022748.3-201ENST00000621828 275 ntBASIC26.09■■□□□ 1.77
CUX1P39880 CHAT-212ENST00000640822 1412 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 NIPAL3-204ENST00000374399 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 TAF15-205ENST00000603777 2011 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 IGFBP3-203ENST00000381086 2322 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 HTR4-209ENST00000521530 1323 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 GFAP-233ENST00000639277 1783 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 WRAP53-202ENST00000396463 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 TTC13-202ENST00000366662 3112 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 DLG4-201ENST00000302955 3184 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 PML-220ENST00000569477 2251 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 SIGLEC10-205ENST00000439889 2126 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 CD300C-201ENST00000330793 1517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 ZDHHC8P1-204ENST00000433168 2309 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 LINC00612-201ENST00000538094 2213 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 FAM8A4P-201ENST00000435433 1213 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 LY6G6C-202ENST00000495859 937 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AC018680.1-202ENST00000500324 525 ntTSL 3 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 GATD1-205ENST00000524550 995 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 RCE1-204ENST00000525356 1270 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AL136309.4-201ENST00000527831 640 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AP003419.2-201ENST00000543494 711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 MIR4783-201ENST00000580343 82 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 IFITM3-204ENST00000602735 713 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AC007663.3-201ENST00000609632 465 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 MIR6727-201ENST00000620702 65 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AL021997.3-201ENST00000621053 557 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 AP001002.3-201ENST00000623482 206 ntBASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 LINC01669-205ENST00000624561 713 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 PLEKHB2-211ENST00000628582 1297 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.77
CUX1P39880 EML3-212ENST00000494176 2901 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.76
CUX1P39880 EML3-216ENST00000529309 2909 ntTSL 2 BASIC26.08■■□□□ 1.76
CUX1P39880 CD300A-205ENST00000577511 1459 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.76
CUX1P39880 MICU3-201ENST00000318063 3992 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CUX1P39880 UBE2V2-205ENST00000521346 1322 ntTSL 3 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CUX1P39880 RCOR3-204ENST00000452621 1827 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CUX1P39880 TDRKH-204ENST00000368825 2651 ntTSL 2 BASIC26.07■■□□□ 1.76
CUX1P39880 DLK1-202ENST00000341267 4722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
CUX1P39880 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.6 ms