Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 AC120024.1-201ENST00000562672 995 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 SP5-201ENST00000375281 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
VPS28Q9UK41 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC24.08■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 ST6GALNAC2-201ENST00000225276 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 KAT8-206ENST00000543774 1846 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 GCLC-209ENST00000514004 2356 ntTSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 GATA3-AS1-201ENST00000355358 2214 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
VPS28Q9UK41 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 HABP4-202ENST00000375251 2304 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
VPS28Q9UK41 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.9 ms