Protein–RNA interactions for Protein: Q9NRJ3

CCL28, C-C motif chemokine 28, humanhuman

Predictions only

Length 127 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCL28Q9NRJ3 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.4■□□□□ 0.7
CCL28Q9NRJ3 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.7
CCL28Q9NRJ3 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.7
CCL28Q9NRJ3 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC19.39■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 ABHD6-205ENST00000478253 2482 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.39■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 SNX18-201ENST00000326277 2063 ntTSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.38■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 GDI1-204ENST00000447750 2474 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 ACTR1B-201ENST00000289228 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC19.37■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 BIN1-203ENST00000346226 2401 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 CPNE2-202ENST00000535318 2316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.37■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 PNCK-204ENST00000370150 1612 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 LTB4R-202ENST00000396782 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 EPS8L1-205ENST00000586329 2130 ntTSL 5 BASIC19.36■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 BTBD7-205ENST00000554565 2697 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 CNTFR-201ENST00000351266 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.34■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.33■□□□□ 0.69
CCL28Q9NRJ3 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC19.33■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.32■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC19.31■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC19.3■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.3■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 CPSF4-207ENST00000451876 1644 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 ZNF76-203ENST00000373953 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 CRNDE-206ENST00000559432 587 ntTSL 3 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 HYAL2-207ENST00000442581 2318 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC19.29■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.29■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
CCL28Q9NRJ3 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC19.28■□□□□ 0.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40.5 ms