Protein–RNA interactions for Protein: Q9H2Z4

NKX2-4, Homeobox protein Nkx-2.4, humanhuman

Predictions only

Length 354 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-4Q9H2Z4 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.35■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 RINL-208ENST00000598904 1846 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC25.33■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC25.33■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
NKX2-4Q9H2Z4 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC25.32■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 ZDHHC23-206ENST00000498275 2055 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC25.31■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC25.3■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC25.28■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC25.28■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC25.28■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 COMMD7-201ENST00000278980 1900 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
NKX2-4Q9H2Z4 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 LINC01678-201ENST00000411694 863 ntTSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 FBXL6-201ENST00000331890 1785 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC25.23■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.22■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
NKX2-4Q9H2Z4 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
NKX2-4Q9H2Z4 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
NKX2-4Q9H2Z4 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
NKX2-4Q9H2Z4 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
NKX2-4Q9H2Z4 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
NKX2-4Q9H2Z4 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC25.2■■□□□ 1.62
NKX2-4Q9H2Z4 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
NKX2-4Q9H2Z4 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
NKX2-4Q9H2Z4 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
NKX2-4Q9H2Z4 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
NKX2-4Q9H2Z4 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
NKX2-4Q9H2Z4 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
NKX2-4Q9H2Z4 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
NKX2-4Q9H2Z4 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
NKX2-4Q9H2Z4 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC25.18■■□□□ 1.62
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.9 ms