Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 FLJ37453-201ENST00000317122 2473 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CCDC3Q9BQI4 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 AC011511.4-201ENST00000586529 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 MAST4-206ENST00000406374 1066 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 C11orf80-204ENST00000525908 2135 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 TMEM125-202ENST00000439858 1786 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 AC131281.2-201ENST00000520478 145 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 PEA15-201ENST00000360472 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 DLX2-202ENST00000466293 1852 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.83■■□□□ 1.25
CCDC3Q9BQI4 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
CCDC3Q9BQI4 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC22.81■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63.9 ms