Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC20.37■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 AP000802.1-201ENST00000500537 1934 ntTSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 HES4-204ENST00000484667 667 ntTSL 3 BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 SMOX-202ENST00000305958 2233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 UPF1-207ENST00000599848 5311 ntTSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 HDGFL2-210ENST00000621835 2255 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 LSR-205ENST00000427250 1606 ntTSL 2 BASIC20.35■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC20.34■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 PARD3-214ENST00000545693 5962 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.85
CCDC54Q8NEL0 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 ID4-201ENST00000378700 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 MBOAT7-205ENST00000431666 2471 ntTSL 1 (best) BASIC20.33■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.32■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 NTHL1-201ENST00000219066 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.31■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 BCL7B-202ENST00000411832 1458 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 DLK2-201ENST00000357338 2038 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 RAB11FIP4-211ENST00000621161 8628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC20.3■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 UXS1-201ENST00000283148 2099 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.29■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 RASGEF1B-211ENST00000514050 537 ntTSL 2 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 AP000911.3-201ENST00000526377 1130 ntTSL 3 BASIC20.28■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 ST7-201ENST00000265437 2899 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 KRT10-201ENST00000269576 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.84
CCDC54Q8NEL0 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.27■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 ZNF767P-202ENST00000472212 2100 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 GNB1-210ENST00000615252 3048 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 ANKRD9-204ENST00000559651 1444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 PARD3-207ENST00000374788 5996 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 CBLN2-209ENST00000585159 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 RIPPLY2-202ENST00000369689 664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 PTPMT1-203ENST00000426530 1014 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC54Q8NEL0 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 91.8 ms