Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
CCDC112Q8NEF3 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 LSM14B-204ENST00000370915 1079 ntTSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 AL451007.3-201ENST00000640271 588 ntAPPRIS P1 BASIC25.64■■□□□ 1.7
CCDC112Q8NEF3 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 DOHH-201ENST00000427575 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 CHST11-202ENST00000546689 756 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 DUX4L13-201ENST00000554103 1267 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 DUX4L15-201ENST00000611059 1267 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 DUX4L23-201ENST00000615195 1269 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 DUX4L24-201ENST00000617576 1269 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 DUX4L22-201ENST00000618238 1269 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 DUX4L20-201ENST00000619712 1269 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 DUX4L21-201ENST00000622058 1269 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 DUX4L10-201ENST00000622460 1267 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 DUX4L25-201ENST00000624915 1269 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 POU4F1-201ENST00000377208 4547 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
CCDC112Q8NEF3 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC25.58■■□□□ 1.69
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.7 ms