Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP4Q13107 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP4Q13107 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP4Q13107 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP4Q13107 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP4Q13107 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
USP4Q13107 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP4Q13107 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP4Q13107 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP4Q13107 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP4Q13107 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP4Q13107 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP4Q13107 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP4Q13107 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP4Q13107 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
USP4Q13107 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP4Q13107 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP4Q13107 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
USP4Q13107 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP4Q13107 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP4Q13107 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP4Q13107 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP4Q13107 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
USP4Q13107 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP4Q13107 LYL1-201ENST00000264824 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP4Q13107 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP4Q13107 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP4Q13107 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP4Q13107 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP4Q13107 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP4Q13107 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP4Q13107 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
USP4Q13107 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP4Q13107 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP4Q13107 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP4Q13107 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP4Q13107 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP4Q13107 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP4Q13107 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
USP4Q13107 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP4Q13107 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP4Q13107 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
USP4Q13107 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
USP4Q13107 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP4Q13107 ZNF821-201ENST00000313565 1874 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP4Q13107 TP53I3-201ENST00000238721 1998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
USP4Q13107 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP4Q13107 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP4Q13107 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP4Q13107 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP4Q13107 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP4Q13107 C1QTNF1-206ENST00000579760 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
USP4Q13107 ZDHHC14-204ENST00000414563 3134 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP4Q13107 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP4Q13107 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP4Q13107 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
USP4Q13107 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP4Q13107 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP4Q13107 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP4Q13107 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
USP4Q13107 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP4Q13107 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP4Q13107 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP4Q13107 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
USP4Q13107 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP4Q13107 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP4Q13107 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP4Q13107 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP4Q13107 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
USP4Q13107 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
USP4Q13107 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP4Q13107 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP4Q13107 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP4Q13107 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP4Q13107 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP4Q13107 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
USP4Q13107 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
USP4Q13107 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.51
USP4Q13107 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
USP4Q13107 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC24.45■■□□□ 1.51
USP4Q13107 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP4Q13107 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP4Q13107 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP4Q13107 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP4Q13107 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
USP4Q13107 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP4Q13107 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP4Q13107 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP4Q13107 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP4Q13107 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP4Q13107 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP4Q13107 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP4Q13107 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP4Q13107 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP4Q13107 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
USP4Q13107 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
USP4Q13107 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
USP4Q13107 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP4Q13107 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
USP4Q13107 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
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