Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC20.74■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC20.74■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC20.73■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC20.73■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC20.73■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 PDK1-202ENST00000392571 1515 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.73■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC20.72■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 ADAMTSL5-202ENST00000395467 1533 ntTSL 5 BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.71■□□□□ 0.91
SCN1BQ07699 ARSB-201ENST00000264914 5327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC20.7■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 CR559946.2-201ENST00000623684 991 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 KAZN-207ENST00000503743 1475 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 GADD45G-201ENST00000252506 1065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC20.68■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 LRRC45-201ENST00000306688 2701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 HSD17B1-201ENST00000225929 1265 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 GDI1-215ENST00000630693 786 ntTSL 4 BASIC20.68■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC20.68■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC20.68■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 ODC1-201ENST00000234111 2653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.68■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC20.67■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 PDCD2-209ENST00000542896 1082 ntTSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.67■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.67■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.67■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC20.67■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 AOC3-207ENST00000617500 2392 ntTSL 4 BASIC20.66■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.66■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.66■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 MIR3648-2-201ENST00000581792 180 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 MIR3648-1-201ENST00000615959 180 ntBASIC20.65■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 ARPP19-201ENST00000249822 5301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.65■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 SLC35B2-202ENST00000393812 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 CABP1-202ENST00000316803 1658 ntTSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.9
SCN1BQ07699 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.64■□□□□ 0.89
SCN1BQ07699 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.64■□□□□ 0.89
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.2 ms