Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC17.12■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 ANKRD16-202ENST00000380092 1646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.11■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 PTMA-205ENST00000410064 814 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 B3GALT4-204ENST00000451237 1694 ntAPPRIS P1 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC17.1■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC17.1■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 EPM2A-208ENST00000618445 1694 ntTSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC17.09■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 CYB561D2-205ENST00000425346 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 FTCD-201ENST00000291670 1905 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.09■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC17.08■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 ORAI3-202ENST00000562699 628 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC17.08■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.08■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 CHKA-202ENST00000356135 1755 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 ARMC10-211ENST00000541300 2266 ntTSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 NRIP3-203ENST00000531090 980 ntTSL 2 BASIC17.08■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC17.07■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC17.07■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC17.06■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.06■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC17.05■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.05■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 ZFPL1-203ENST00000525509 478 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 AC011446.1-201ENST00000591825 458 ntTSL 2 BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.04■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 ID1-201ENST00000376105 1233 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC17.03■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 PYGO2-201ENST00000368456 1306 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 AC104986.2-201ENST00000521696 380 ntTSL 2 BASIC17.03■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 TGFBR3L-202ENST00000565886 1260 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 TMEM240-203ENST00000624426 796 ntTSL 3 BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 AC092437.1-201ENST00000624794 1048 ntBASIC17.02■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.02■□□□□ 0.32
COL7A1Q02388 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC17.02■□□□□ 0.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 372.3 ms