Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL9A1P20849 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
COL9A1P20849 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 KIAA2013-202ENST00000376576 2539 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 C17orf49-202ENST00000546495 996 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 NECAB2-201ENST00000305202 1608 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 AKT1S1-201ENST00000344175 1760 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 NDUFAF8-201ENST00000431388 615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 AC024267.6-201ENST00000580603 583 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
COL9A1P20849 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 ASRGL1-210ENST00000534571 639 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 NDUFV2-AS1-201ENST00000582375 770 ntTSL 2 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 COMT-204ENST00000403710 1548 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 TNK2-201ENST00000333602 5270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 HSBP1L1-201ENST00000451882 771 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC24.42■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 WT1-AS-205ENST00000494911 1320 ntTSL 4 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC24.41■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 SLC35A2-212ENST00000634665 486 ntTSL 4 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC24.41■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 MNX1-201ENST00000252971 2174 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 TAF9-201ENST00000217893 1283 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 AL021707.1-201ENST00000416406 500 ntTSL 3 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
COL9A1P20849 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL9A1P20849 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL9A1P20849 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC24.39■■□□□ 1.49
COL9A1P20849 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
COL9A1P20849 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL9A1P20849 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL9A1P20849 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL9A1P20849 MMP25-204ENST00000612971 1017 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL9A1P20849 PTMS-207ENST00000619580 1150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL9A1P20849 SMARCD3-203ENST00000392811 2018 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL9A1P20849 ZNF263-204ENST00000573578 1636 ntTSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL9A1P20849 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
COL9A1P20849 BIN1-204ENST00000348750 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
COL9A1P20849 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
COL9A1P20849 SLC25A10-202ENST00000350690 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 316.5 ms