Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 VAX2-201ENST00000234392 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VIMP08670 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VIMP08670 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
VIMP08670 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VIMP08670 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VIMP08670 SH3GLB2-203ENST00000372564 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
VIMP08670 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VIMP08670 NRG2-201ENST00000289409 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
VIMP08670 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VIMP08670 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VIMP08670 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VIMP08670 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VIMP08670 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VIMP08670 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
VIMP08670 LETM1-201ENST00000302787 5462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
VIMP08670 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VIMP08670 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
VIMP08670 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VIMP08670 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VIMP08670 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VIMP08670 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
VIMP08670 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VIMP08670 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VIMP08670 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VIMP08670 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
VIMP08670 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
VIMP08670 STIM2-204ENST00000467087 5154 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VIMP08670 IGDCC4-201ENST00000352385 6508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VIMP08670 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VIMP08670 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VIMP08670 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
VIMP08670 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VIMP08670 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VIMP08670 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
VIMP08670 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VIMP08670 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
VIMP08670 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
VIMP08670 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VIMP08670 NKX2-4-201ENST00000351817 2238 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VIMP08670 C15orf59-201ENST00000379822 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VIMP08670 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VIMP08670 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VIMP08670 KLF9-201ENST00000377126 5175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VIMP08670 SHD-204ENST00000599689 1729 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
VIMP08670 DNLZ-201ENST00000371738 724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VIMP08670 ANKLE2-201ENST00000357997 4646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VIMP08670 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
VIMP08670 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
VIMP08670 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC23.39■■□□□ 1.34
VIMP08670 MAGI2-212ENST00000626691 4599 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
VIMP08670 PDE5A-201ENST00000264805 3020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.34
VIMP08670 MIR3665-201ENST00000578708 105 ntBASIC23.39■■□□□ 1.33
VIMP08670 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
VIMP08670 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VIMP08670 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VIMP08670 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
VIMP08670 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VIMP08670 FAM185A-202ENST00000413034 1179 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VIMP08670 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
VIMP08670 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VIMP08670 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
VIMP08670 PEX10-204ENST00000507596 1941 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VIMP08670 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VIMP08670 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VIMP08670 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VIMP08670 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VIMP08670 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VIMP08670 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
VIMP08670 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VIMP08670 AP006261.1-201ENST00000584783 668 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
VIMP08670 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VIMP08670 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
VIMP08670 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VIMP08670 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VIMP08670 MSANTD2-203ENST00000524950 1109 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
VIMP08670 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VIMP08670 C8orf82-202ENST00000524821 2476 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VIMP08670 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
VIMP08670 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VIMP08670 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VIMP08670 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
VIMP08670 AC231981.1-201ENST00000450917 974 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VIMP08670 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
VIMP08670 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VIMP08670 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VIMP08670 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
VIMP08670 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VIMP08670 REEP5-202ENST00000379638 3326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VIMP08670 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VIMP08670 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.33
VIMP08670 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.33
VIMP08670 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC23.33■■□□□ 1.32
VIMP08670 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
VIMP08670 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.33■■□□□ 1.32
VIMP08670 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
VIMP08670 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
VIMP08670 RABEP2-201ENST00000357573 2175 ntTSL 1 (best) BASIC23.33■■□□□ 1.32
VIMP08670 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC23.32■■□□□ 1.32
VIMP08670 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC23.32■■□□□ 1.32
VIMP08670 CDKN2A-201ENST00000304494 1218 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.8 ms