Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 LTBP4-205ENST00000396819 4764 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AC018892.3-201ENST00000623986 2499 ntBASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 RTN4IP1-201ENST00000369063 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 ATP2A3-201ENST00000309890 4826 ntTSL 5 BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 ZNF619-205ENST00000456778 2192 ntTSL 2 BASIC20■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 LTK-204ENST00000561619 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 MAP6-201ENST00000304771 3334 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 ASS1-204ENST00000372394 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 BICRA-201ENST00000396720 5739 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 CRCP-201ENST00000338592 1393 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 MOB3A-201ENST00000357066 3391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 SEPHS1-202ENST00000378614 2387 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 TSPEAR-202ENST00000397916 2114 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 HRASLS5-206ENST00000540857 3032 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 GALNT18-201ENST00000227756 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 PLEKHJ1-211ENST00000589097 2251 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 HNRNPR-204ENST00000427764 1788 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AGBL5-202ENST00000360131 3177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AHRR-211ENST00000515206 462 ntTSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AL021546.1-201ENST00000551806 552 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AC023310.1-201ENST00000554836 735 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 FOS-206ENST00000555347 1280 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 PLA2G4C-AS1-201ENST00000596552 568 ntTSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 Z84492.1-201ENST00000606589 408 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 COPS9-205ENST00000607357 418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 ABBA01031663.1-201ENST00000635630 790 ntBASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 KRT35-202ENST00000393989 1670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 TK1-203ENST00000588734 1681 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 UBE3B-201ENST00000340074 1448 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 RIMS3-201ENST00000372683 1408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 NYX-201ENST00000342595 2713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 SMPD1-201ENST00000342245 2452 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 C16orf58-202ENST00000430477 2471 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 ALDH1A3-201ENST00000329841 3924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 SCRN1-205ENST00000425819 1552 ntTSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 TMEM183A-201ENST00000367242 3019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 NRP1-203ENST00000374821 1988 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 ATP6AP2-215ENST00000636409 1962 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 MAP4K2-202ENST00000377350 2931 ntTSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 NUAK1-201ENST00000261402 6828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.99■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 EVI5L-202ENST00000538904 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 ATP6AP2-201ENST00000378438 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 BRIX1-201ENST00000336767 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 MAPK14-204ENST00000468133 1376 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 ADNP2-201ENST00000262198 5393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 LAPTM4B-201ENST00000445593 3173 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 CLU-215ENST00000523500 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 ARID3A-201ENST00000263620 5941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 KLK1-201ENST00000301420 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 CACNG5-201ENST00000307139 926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 CYTL1-201ENST00000307746 1003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AC006001.1-201ENST00000325130 474 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 MUC1-202ENST00000338684 1107 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 RAB4B-201ENST00000357052 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 MIR326-201ENST00000362220 95 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 MTHFSD-202ENST00000381214 1210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AL133267.1-201ENST00000398220 340 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 FAM197Y7-201ENST00000432892 766 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 C1QTNF6-203ENST00000434784 975 ntTSL 3 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 MUC1-218ENST00000471283 635 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 SNHG6-201ENST00000520348 648 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AL031600.1-201ENST00000563610 570 ntTSL 4 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AC005262.2-201ENST00000587701 452 ntTSL 5 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 EGLN2-209ENST00000594140 991 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AC016727.1-203ENST00000603199 540 ntTSL 4 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 CHI3L2-212ENST00000524472 1435 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 SFT2D3-201ENST00000310981 3735 ntAPPRIS P1 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 FAM215B-201ENST00000458392 2183 ntTSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AC005833.1-201ENST00000280684 4237 ntAPPRIS P1 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AC090340.1-201ENST00000620778 4980 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 OR6D1P-202ENST00000641007 5290 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AP000787.1-201ENST00000501356 1926 ntTSL 2 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 SOX14-201ENST00000306087 2055 ntAPPRIS P1 BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AC138932.1-201ENST00000534164 6830 ntBASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 FAM192A-201ENST00000309137 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.98■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 PARVG-205ENST00000422871 3462 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 UBE2D2-202ENST00000398733 2702 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 PLTP-205ENST00000477313 2255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 BANK1-207ENST00000508653 2115 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 PTDSS1-202ENST00000517309 5177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 MOG-215ENST00000376888 1529 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 NDUFV1-202ENST00000415352 1512 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 MAGI3-201ENST00000307546 6430 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 PCDHAC2-201ENST00000289269 5963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 CDK8-201ENST00000381527 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 DNMT3A-205ENST00000402667 2300 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 CDKN1B-201ENST00000228872 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 C15orf62-201ENST00000344320 2370 ntAPPRIS P1 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 PTPN6-204ENST00000456013 2389 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 SPOPL-201ENST00000280098 6025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 PGGT1BP2-201ENST00000398621 1028 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 ARTN-209ENST00000479128 471 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 GAPDHP40-201ENST00000505218 1006 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AC108142.1-201ENST00000505389 286 ntTSL 3 BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 LCN10-206ENST00000527229 615 ntTSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 COX14-203ENST00000550487 739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AL021578.1-201ENST00000613646 709 ntBASIC19.97■□□□□ 0.79
CCDC87Q9NVE4 AC093326.2-201ENST00000640770 729 ntTSL 5 BASIC19.97■□□□□ 0.79
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.9 ms