Protein–RNA interactions for Protein: P31269

HOXA9, Homeobox protein Hox-A9, humanhuman

Predictions only

Length 272 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA9P31269 SYVN1-203ENST00000377190 3052 ntTSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 EML3-201ENST00000278845 3017 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 SPAG1-201ENST00000251809 3748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 FAM49B-223ENST00000522746 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.53■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 NOTCH3-201ENST00000263388 8666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 SRRM2-201ENST00000301740 9353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 FDFT1-202ENST00000443614 1393 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 SYNGAP1-202ENST00000418600 5828 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 NFATC4-222ENST00000555590 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 LTK-204ENST00000561619 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 TLK2-201ENST00000326270 3512 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 GRAPL-201ENST00000344415 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 AL357673.1-201ENST00000637610 2542 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 PLEKHJ1-211ENST00000589097 2251 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 CHTF18-202ENST00000317063 2988 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 AL121723.1-201ENST00000445194 1519 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 ABLIM2-203ENST00000361737 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 PARD3-206ENST00000374776 3389 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 CARTPT-201ENST00000296777 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 TNFRSF12A-202ENST00000341627 881 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 PRKN-203ENST00000366894 1157 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 UBE2T-201ENST00000367274 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 ATP5D-202ENST00000395633 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 GEMIN4-202ENST00000437269 1182 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 AL355994.2-201ENST00000447882 704 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 CSF2RBP1-201ENST00000447905 391 ntBASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 FAM25G-201ENST00000452267 345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 AL118558.1-202ENST00000557242 451 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 AL133153.2-201ENST00000557524 303 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 LINC02109-201ENST00000565798 869 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 CMC2-214ENST00000565925 640 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 COX6B1-204ENST00000592141 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 LINC02351-201ENST00000614728 289 ntTSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 METTL26-214ENST00000614890 801 ntTSL 3 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 BX276092.9-202ENST00000636096 1722 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 CERS6-201ENST00000305747 7217 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.52■□□□□ 0.24
HOXA9P31269 GGT7-201ENST00000336431 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 COL8A2-202ENST00000397799 4670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 RNF217-211ENST00000560949 5145 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 CYP2AB1P-202ENST00000454440 1456 ntBASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 MLXIP-201ENST00000319080 8427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 MUTYH-234ENST00000528013 1662 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 MAGEA2-202ENST00000598543 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 CDK4-201ENST00000257904 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 RHNO1-209ENST00000618250 2070 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 MPPE1-201ENST00000309976 1636 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 CFLAR-205ENST00000342795 1613 ntTSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 TRIM13-201ENST00000356017 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 SLC29A1-203ENST00000371724 2275 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 NLE1-203ENST00000586869 5286 ntTSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 NFATC2-205ENST00000609507 2662 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.52■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 PRRX1-202ENST00000367760 2217 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 ZNF890P-201ENST00000422060 1352 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 BTBD1-201ENST00000261721 3297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 ZNF385A-203ENST00000394313 2430 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 SLC2A4-204ENST00000571308 1768 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 CBS-202ENST00000359624 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 CBSL-203ENST00000618024 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 SLC35A1-202ENST00000369556 1720 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 SLC6A9-202ENST00000360584 2330 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 PRPF31-203ENST00000419967 2269 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 LINC00847-201ENST00000501855 1871 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 AGER-206ENST00000375070 1463 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 AGER-208ENST00000438221 1493 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 ACKR1-201ENST00000368121 1240 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 PLAC9-201ENST00000372263 785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 TSPAN32-204ENST00000381121 999 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 AC243836.1-201ENST00000416696 438 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 LINC01534-201ENST00000425254 815 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 MDM2-215ENST00000428863 1037 ntTSL 5 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 FAM104B-207ENST00000489298 712 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 AC109479.1-201ENST00000519603 624 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 AC136475.5-202ENST00000524824 587 ntTSL 4 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 AP001453.3-201ENST00000545800 853 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 AC079316.1-201ENST00000548397 411 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 CX3CL1-203ENST00000564948 563 ntTSL 3 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 C19orf70-204ENST00000587950 655 ntTSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 BAZ1A-203ENST00000382422 5775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 AKTIP-202ENST00000394657 2426 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 UCKL1-201ENST00000354216 1837 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 MIER1-209ENST00000401042 1648 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 DKC1-201ENST00000369550 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 ATP6V0E2-212ENST00000611515 2565 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 CXCL14-202ENST00000512158 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 NSMF-204ENST00000371473 3556 ntTSL 1 (best) BASIC16.51■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 SLC25A48-203ENST00000425402 2062 ntTSL 5 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 LDB3-208ENST00000623007 1664 ntTSL 1 (best) BASIC16.5■□□□□ 0.23
HOXA9P31269 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.5■□□□□ 0.23
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 40 ms