Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 DEPDC5-203ENST00000400242 2395 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AC062028.1-203ENST00000447433 1472 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 IRX6-201ENST00000290552 3128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 CDK18-201ENST00000360066 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 ARF6-201ENST00000298316 3865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 C6orf106-203ENST00000374026 4232 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 KIF25-202ENST00000354419 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 CEP19-202ENST00000409690 2201 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 CNOT10-202ENST00000331889 2573 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 C1orf43-202ENST00000362076 1551 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 PEX5-206ENST00000434354 2253 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SSR4P1-203ENST00000599569 2260 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SNAPC1-201ENST00000216294 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 PLVAP-201ENST00000252590 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 PTPRU-201ENST00000345512 4470 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AC134407.2-201ENST00000625089 1978 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AC009802.1-201ENST00000637973 1609 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 DNAJC4-203ENST00000355040 759 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 LBH-204ENST00000406087 559 ntTSL 4 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AL451069.2-201ENST00000428814 297 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AC112191.1-201ENST00000523689 701 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 HOXD8-204ENST00000544999 1235 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 C12orf76-202ENST00000546627 461 ntTSL 4 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 RPL18-208ENST00000549920 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 RPL18-209ENST00000550645 463 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 RPL18-214ENST00000552588 559 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 LRRC28-210ENST00000558879 581 ntTSL 4 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 HEXA-210ENST00000567213 1000 ntTSL 3 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 CDC42EP4-206ENST00000581014 737 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AC055811.1-201ENST00000584203 1231 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AL590999.1-203ENST00000606829 542 ntTSL 4 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 NID2-208ENST00000617139 3827 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 TLE4-204ENST00000376537 2793 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 NFATC1-207ENST00000545796 3558 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 C11orf24-201ENST00000304271 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 CRY2-201ENST00000417225 2053 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 PGAP3-211ENST00000619169 2094 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 MINK1-201ENST00000347992 4863 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 TLE3-215ENST00000559048 2918 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 CBWD1-201ENST00000314367 1771 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 TRAF3-204ENST00000539721 1786 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 ATP6V0E2-212ENST00000611515 2565 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SAMD4A-204ENST00000554335 3003 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SLC2A9-201ENST00000264784 1850 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 PIGT-201ENST00000279035 1880 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 CCR7-203ENST00000579344 1874 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 LINC01660-203ENST00000618517 1859 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 NRSN2-210ENST00000621012 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AC020658.6-201ENST00000623564 1870 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 HSD17B6-203ENST00000554150 1547 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SLC25A45-214ENST00000534028 2432 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 ALOX15-205ENST00000574640 2422 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 CTBP1-209ENST00000510568 4250 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 FEM1B-201ENST00000306917 7122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 FOSL2-201ENST00000264716 6708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 ANKS6-202ENST00000375019 2586 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 CKAP4-201ENST00000378026 3093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 NFE2-201ENST00000312156 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 TACR2-203ENST00000619173 1713 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 NFATC4-206ENST00000539237 5686 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AC009242.1-201ENST00000634300 2706 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 MAGEA12-202ENST00000393869 1761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 CLEC16A-203ENST00000409790 6891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AC062015.1-201ENST00000423838 1134 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 GPX1P2-201ENST00000429271 606 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 EFCAB1-209ENST00000523092 648 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SPINT1-AS1-202ENST00000564302 643 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AP002472.1-201ENST00000577490 586 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 MKNK2-212ENST00000591588 631 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AC008878.4-201ENST00000602083 293 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AL121894.2-201ENST00000602977 491 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 TMEM114-205ENST00000624696 560 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 CAND2-206ENST00000626378 333 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 CPEB3-201ENST00000265997 4851 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AC136621.1-201ENST00000624017 2304 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 UEVLD-203ENST00000379387 1848 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 NUTM2D-202ENST00000412718 5543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SYNRG-222ENST00000614941 3406 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 TMED7-TICAM2-202ENST00000333314 3453 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SLC12A5-209ENST00000616201 2955 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 CD300LG-204ENST00000539718 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 GDF2-201ENST00000581492 1955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 WDR45-201ENST00000322995 1444 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 PPP1R18-206ENST00000615892 1448 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 TAOK3-201ENST00000392533 4384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 APBA2-205ENST00000558330 3349 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AC007326.2-201ENST00000624224 7579 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 TUSC3-204ENST00000506802 1546 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 DNAJC5-201ENST00000360864 5213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 MYH6-201ENST00000356287 5871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 SEMA4F-201ENST00000339773 2177 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 LRIT1-201ENST00000372105 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 TMEM25-206ENST00000442938 2228 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 MED19-201ENST00000337672 1637 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
VPS39Q96JC1 AFF4-201ENST00000265343 9552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.7 ms