Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 HTR1B-201ENST00000369947 2021 ntAPPRIS P1 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 PLAA-205ENST00000520884 2041 ntTSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 LINC01529-205ENST00000637365 2000 ntTSL 5 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 C15orf38-AP3S2-201ENST00000398333 2439 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 GPR176-205ENST00000561100 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 AL365203.3-201ENST00000609742 2057 ntBASIC16.1■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 GLUD2-201ENST00000328078 2493 ntAPPRIS P1 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 POMT1-208ENST00000423007 3320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 PRSS54-204ENST00000567164 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 PAPD5-202ENST00000436909 4635 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.1■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 REPS1-201ENST00000258062 3161 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 SMG1P3-206ENST00000522841 2774 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 C2orf54-202ENST00000388934 1911 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 HPCAL1-207ENST00000620771 1941 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 NFE2L3-201ENST00000056233 3686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 SYT3-202ENST00000593901 2836 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 RAD51D-218ENST00000590016 1528 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 TCAF2-203ENST00000425618 2448 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 TRAK1-209ENST00000487159 5536 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 VPS37C-201ENST00000301765 2865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 MMP15-201ENST00000219271 4250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 TMEM53-204ENST00000372243 1579 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 C1RL-210ENST00000544702 1569 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 PAX6-276ENST00000640684 1557 ntTSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 DKC1-201ENST00000369550 2577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 GFM1-208ENST00000478576 2147 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 SYDE2-202ENST00000341460 5512 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 TMC7-201ENST00000304381 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 ZIC5-201ENST00000267294 4639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 GUCY1B3-206ENST00000507146 2709 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 RASAL3-201ENST00000343625 3293 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 ISCA1-201ENST00000311534 813 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 LRP5L-201ENST00000402785 1193 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 GABARAPL1-202ENST00000421801 855 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 PNPO-202ENST00000434554 1196 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 RASL12-203ENST00000434605 982 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 FAM207CP-201ENST00000443486 507 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 AL161908.2-201ENST00000457964 394 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 AL160313.1-201ENST00000502101 1039 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 AC104794.3-201ENST00000566840 1248 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 C1QTNF1-212ENST00000583904 1129 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 AC092364.2-202ENST00000597012 1073 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 5S_rRNA.22-201ENST00000614916 106 ntBASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 LITAF-201ENST00000339430 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 PDGFA-201ENST00000354513 1308 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 NAP1L4-222ENST00000620138 2479 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 FRA10AC1-201ENST00000359204 3089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 LRRFIP2-205ENST00000421276 2522 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 AHSA1-201ENST00000216479 1402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 LMF1-AS1-202ENST00000569574 1408 ntTSL 3 BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 PPP1R18-206ENST00000615892 1448 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 AC012414.7-201ENST00000621235 1507 ntTSL 1 (best) BASIC16.09■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 PLIN1-202ENST00000430628 2900 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 CCDC136-212ENST00000487361 2268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 HYAL1-202ENST00000320295 2324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 FAM57B-202ENST00000380495 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 IFT140-203ENST00000426508 5270 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 ACSL4-201ENST00000340800 5333 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 ACSM2A-203ENST00000417235 1835 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 ATP6AP2-226ENST00000637526 1862 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.17
LHX3Q9UBR4 GPR161-204ENST00000367838 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 PTP4A1-201ENST00000370651 5088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 SYBU-230ENST00000532779 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 CISH-201ENST00000348721 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 SMIM25-203ENST00000425497 2010 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 PHRF1-201ENST00000264555 5523 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 NPM2-201ENST00000289820 1100 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 CCDC182-201ENST00000299415 832 ntAPPRIS P1 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 NPM2-202ENST00000381530 925 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 EEF1B2-202ENST00000392221 880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 RAC2-202ENST00000401529 569 ntTSL 4 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 NCBP2-203ENST00000422610 676 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 RPL13P2-201ENST00000440687 659 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 AL589987.1-201ENST00000453380 819 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 AP000943.3-201ENST00000536540 954 ntTSL 3 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 ARL16-202ENST00000570561 768 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 TPGS2-215ENST00000590842 1239 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 LINC02560-201ENST00000596379 459 ntBASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 TCP10L2-202ENST00000366832 2185 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 AL158154.2-201ENST00000585776 2208 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 FMNL3-202ENST00000352151 4006 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 LINC00942-201ENST00000515614 2417 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 LINC01978-202ENST00000574526 1540 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 NR4A3-202ENST00000338488 2588 ntTSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 ZNF804A-201ENST00000302277 4690 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 MARCH1-203ENST00000503008 5877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 CLN3-201ENST00000333496 1608 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 PIAS3-201ENST00000369298 2761 ntTSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 HNRNPUL2-BSCL2-201ENST00000403734 4001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 CROCC2-201ENST00000443866 5382 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 PIGT-201ENST00000279035 1880 ntTSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.08■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 TIMM44-201ENST00000270538 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 NELFA-203ENST00000411638 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 PRRT2-214ENST00000637064 2153 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 TM9SF1-201ENST00000261789 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 IPMK-201ENST00000373935 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 SURF4-207ENST00000545297 2863 ntTSL 2 BASIC16.07■□□□□ 0.16
LHX3Q9UBR4 ZNF574-202ENST00000359044 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.07■□□□□ 0.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.9 ms