Protein–RNA interactions for Protein: P20849

COL9A1, Collagen alpha-1(IX) chain, humanhuman

Predictions only

Length 921 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL9A1P20849 ZNFX1-203ENST00000371754 5235 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 FNBP1-203ENST00000443566 5227 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 NSD3-201ENST00000316985 3995 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 SLC35E4-201ENST00000343605 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 CPT2-210ENST00000637252 2739 ntTSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 PLCG1-201ENST00000244007 5285 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 LYPLA2-202ENST00000374502 1072 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 PMCHL1-203ENST00000423301 697 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AL109767.1-201ENST00000429450 564 ntTSL 4 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 PTPA-218ENST00000435132 618 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 RN7SL399P-201ENST00000471648 279 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AL157792.1-201ENST00000488281 530 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 SLC30A5-203ENST00000502979 681 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 CHTF8-207ENST00000520529 475 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AC115837.2-201ENST00000522127 677 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 PXN-AS1-204ENST00000542265 854 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 NPM1P43-201ENST00000558669 786 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 MIR4741-201ENST00000579822 90 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 ZNF83-215ENST00000600714 810 ntTSL 3 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AC026979.3-201ENST00000607315 403 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 HAPLN3-201ENST00000359595 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 CHST10-203ENST00000409701 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 EIF1B-AS1-206ENST00000631175 1303 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 TUBG2-201ENST00000251412 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 NRP1-204ENST00000374822 2213 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 ISLR2-203ENST00000435464 4259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 CLSTN1-202ENST00000377298 5221 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 LRFN3-201ENST00000246529 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 TMC6-203ENST00000392467 2833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 SGCA-201ENST00000262018 1432 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 HSD17B7P2-202ENST00000494540 1401 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AC010478.1-202ENST00000559112 2367 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 GCK-202ENST00000345378 2421 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 NTMT1-204ENST00000372486 1487 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 HACD3-206ENST00000565299 1465 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 PON2-201ENST00000222572 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 FBXW9-201ENST00000393261 1738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 SCOC-211ENST00000614192 1959 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 LMBR1L-204ENST00000547382 2235 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 TRIM11-202ENST00000366699 2511 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 CTNNAL1-204ENST00000374595 2522 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 SLC47A2-202ENST00000350657 2285 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 EIPR1-202ENST00000398659 1795 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 ACTR3-208ENST00000535589 1530 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 SYNM-202ENST00000336292 7394 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 LRRC28-202ENST00000331450 752 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 TXNRD3NB-202ENST00000383572 1131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 TMEM219-202ENST00000414689 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 FOXP4-AS1-203ENST00000439386 404 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 MTX1P1-201ENST00000440904 838 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 Z97180.1-201ENST00000445173 988 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 LINC01014-203ENST00000455307 548 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 OSMR-AS1-202ENST00000512519 837 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 TMEM219-204ENST00000566848 1292 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AC005899.5-201ENST00000584721 552 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 FBXL12-204ENST00000586469 544 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AC008403.1-201ENST00000595676 443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AC010326.2-201ENST00000602124 1020 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 MIR6069-201ENST00000620069 79 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 PKP3-201ENST00000331563 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 FFAR2-201ENST00000246549 2051 ntAPPRIS P1 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AL645608.8-201ENST00000606034 2086 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 SMARCE1-205ENST00000431889 1569 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 HDAC10-222ENST00000626012 2607 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 FAM69C-202ENST00000400291 1329 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 KCNQ5-212ENST00000628967 3527 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 SSR4-201ENST00000320857 1671 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 CCDC183-201ENST00000338005 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 CCDC157-203ENST00000405659 3052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 PNPO-201ENST00000225573 2256 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 RNF165-204ENST00000587853 2011 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AC005915.1-201ENST00000624912 2018 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 SH2D3C-205ENST00000420366 2682 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 ZNF385B-204ENST00000410066 3288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 ADGRA3-202ENST00000334304 4566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AL162231.1-201ENST00000421828 1525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 TNPO2-201ENST00000356861 4962 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 SLC6A8-204ENST00000430077 1892 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 CABP1-204ENST00000453000 1857 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 SENP2-201ENST00000296257 5717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 FAM169B-201ENST00000332908 579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 STMN1-201ENST00000357865 1137 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 CST9L-201ENST00000376979 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 PGAP2-208ENST00000464229 863 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 ZNF7-206ENST00000528130 1134 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AC004803.1-204ENST00000543290 512 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AP003419.2-201ENST00000543494 711 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 IGHV3OR16-9-202ENST00000558425 288 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 SNAI3-AS1-206ENST00000569786 588 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AC007861.2-201ENST00000573819 571 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 IFT20-215ENST00000585313 852 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 RNASEK-210ENST00000593646 566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 AC093326.2-201ENST00000640770 729 ntTSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 OR2T27-203ENST00000641652 1285 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 PARP6-220ENST00000569795 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
COL9A1P20849 STK10-201ENST00000176763 6060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 74.2 ms