Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 AL596442.2-201ENST00000610240 980 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 LINC00623-201ENST00000613486 486 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AC090164.4-201ENST00000632451 313 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 SYBU-209ENST00000446070 2919 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 NUDT16P1-202ENST00000499077 2208 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 MEAF6-201ENST00000296214 1525 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 UBE2G1-204ENST00000572484 1514 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 ZBTB47-202ENST00000505904 2456 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 ZNF425-201ENST00000378061 3220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 PIK3R6-203ENST00000614407 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 TSPAN4-208ENST00000409531 1339 ntTSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 FAM131A-207ENST00000450976 1335 ntTSL 3 BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 LYAR-201ENST00000343470 1569 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AC112504.1-201ENST00000623415 1841 ntBASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 TRIM71-201ENST00000383763 8685 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AC026412.1-203ENST00000507841 2338 ntTSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 SPEG-201ENST00000312358 10782 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 FNDC8-201ENST00000158009 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 UPK3B-202ENST00000334348 2373 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AC098591.1-201ENST00000381811 1613 ntTSL 2 BASIC15.1■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 VWF-201ENST00000261405 8838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 PSMD13-212ENST00000532097 1991 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 NID2-208ENST00000617139 3827 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 CD55-204ENST00000367064 2760 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 TCAF1-205ENST00000479870 5733 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 FAM109A-203ENST00000547838 2846 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 SMARCD1-202ENST00000394963 3658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 PCBP1-201ENST00000303577 1750 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 REPIN1-202ENST00000425389 2876 ntAPPRIS P3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 PCDHB13-201ENST00000341948 5061 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 SLC35E2B-203ENST00000611123 5948 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 APBB1-202ENST00000311051 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 NDRG2-211ENST00000397858 2054 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 PRKN-202ENST00000366892 1505 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 KDM3A-203ENST00000409556 4928 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 TYROBP-201ENST00000262629 568 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 FCN1-201ENST00000371806 1286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 HIST1H2BD-202ENST00000377777 496 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 SPDYE2-202ENST00000432940 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 SPDYE2B-201ENST00000436228 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 SPDYE5-201ENST00000455862 1209 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 ALG1L5P-201ENST00000482043 771 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 PP7080-203ENST00000510604 859 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 CFL1-202ENST00000524553 860 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 QPRT-203ENST00000562473 579 ntTSL 3 BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 LYRM1-209ENST00000568663 857 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 SPATA33-208ENST00000568929 1264 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AC023141.13-201ENST00000604991 943 ntBASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 ALDH2-202ENST00000416293 1572 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 VILL-207ENST00000465644 1857 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 ELOF1-203ENST00000586683 2154 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 SIX6-201ENST00000327720 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 CAAP1-201ENST00000333916 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 SFN-201ENST00000339276 1320 ntAPPRIS P1 BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 BMP4-201ENST00000245451 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 DCP1B-202ENST00000535873 2231 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 AC097376.2-201ENST00000608661 2510 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 WDR45B-201ENST00000392325 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 RPS6KB1-203ENST00000406116 1982 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 MARVELD3-204ENST00000565261 1351 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 FGF4-201ENST00000168712 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 BMP1-201ENST00000306349 2626 ntTSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 ARF6-201ENST00000298316 3865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 HNF1A-215ENST00000615446 2344 ntTSL 5 BASIC15.09■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 MGME1-201ENST00000377704 1781 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 ATG2A-203ENST00000421419 1481 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 TAX1BP1-201ENST00000265393 2478 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0.01
KLHL28Q9NXS3 CHCHD3-201ENST00000262570 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 GNRHR2-201ENST00000312753 1599 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 PSEN2-203ENST00000422240 1947 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 RUFY2-205ENST00000454950 2613 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 ATP6V0E2-AS1-201ENST00000461019 2973 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 CHID1-201ENST00000323578 3374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 TMTC2-203ENST00000548305 2682 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 AC092919.2-201ENST00000623631 1645 ntBASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 IER5-201ENST00000367577 4188 ntAPPRIS P1 BASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 ANP32E-201ENST00000369114 1048 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 PNRC2-202ENST00000374468 814 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 CTRC-202ENST00000375949 898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 LINC01786-201ENST00000434139 268 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 AL669831.5-202ENST00000457084 566 ntTSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 EHMT1-216ENST00000493484 1182 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 MRFAP1-203ENST00000507420 563 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 AC019257.1-202ENST00000521498 445 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 THTPA-204ENST00000554970 569 ntTSL 4 BASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 AL390334.1-205ENST00000555797 411 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 THTPA-206ENST00000556015 535 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 RPL28-209ENST00000560055 670 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 AC023355.1-201ENST00000560323 752 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 AC005606.1-201ENST00000567515 504 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 MIR4469-201ENST00000583919 79 ntBASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 AC008761.1-201ENST00000595363 217 ntTSL 5 BASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 OR5AH1P-202ENST00000597822 431 ntTSL 3 BASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 AL009183.1-201ENST00000603760 355 ntBASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 AL365330.1-201ENST00000607459 531 ntBASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 AL078644.1-201ENST00000609881 752 ntBASIC15.08■□□□□ 0
KLHL28Q9NXS3 MCCC2-209ENST00000629193 1128 ntTSL 1 (best) BASIC15.08■□□□□ 0
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.8 ms