Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 TTLL11-201ENST00000321582 3250 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 C2orf81-206ENST00000640868 2407 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 OPA1-208ENST00000392438 6340 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 SIGLEC7-201ENST00000305628 1469 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 HNRNPA0-201ENST00000314940 8726 ntAPPRIS P1 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 APBB2-204ENST00000502841 1681 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 NSFL1C-206ENST00000476071 2800 ntTSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 MSMO1-202ENST00000393766 1789 ntTSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 CTCFL-215ENST00000608158 1984 ntTSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 SSFA2-202ENST00000409001 4987 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 CHST8-201ENST00000262622 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 CLUH-202ENST00000570628 5244 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 CCP110-201ENST00000381396 5446 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 NUDT16-203ENST00000537561 5943 ntTSL 5 BASIC15.69■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 LINC01301-205ENST00000531654 1347 ntTSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 ACTR3-208ENST00000535589 1530 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 HIBCH-201ENST00000359678 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 AGGF1P2-201ENST00000426656 2106 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 TRA2A-211ENST00000538367 2142 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 RNPS1-202ENST00000320225 2241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 MAPK11-201ENST00000330651 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 MEST-202ENST00000341441 2443 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 HOXB3-205ENST00000470495 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 SLC16A3-211ENST00000581287 4830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 ITGA7-202ENST00000347027 4084 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 ARID5A-203ENST00000454558 3079 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 ITPR3-201ENST00000374316 9870 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 ARMC6-203ENST00000392336 1866 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 SLC10A3-202ENST00000369649 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 PRKACG-201ENST00000377276 1585 ntAPPRIS P1 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 NMU-201ENST00000264218 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 TNFRSF14-202ENST00000409119 896 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 VAT1-202ENST00000420567 1069 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 AC114501.2-201ENST00000439631 535 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 AC007274.1-201ENST00000439805 662 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 AC073130.2-202ENST00000444244 842 ntTSL 3 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 AC124944.1-201ENST00000448113 625 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 CD81-207ENST00000481687 890 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 MRNIP-212ENST00000520698 902 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 FAU-205ENST00000527548 538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 AP001107.3-201ENST00000534065 544 ntTSL 4 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 ZSCAN2-213ENST00000541040 965 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 C1QTNF1-212ENST00000583904 1129 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 AC008494.3-201ENST00000606615 944 ntBASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 SLC9A5-201ENST00000299798 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 PAFAH1B1-202ENST00000397195 5497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 TGOLN2-203ENST00000398263 6138 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 ZNF76-202ENST00000339411 2447 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 GGT5-203ENST00000398292 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 AL365277.1-202ENST00000331856 2241 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 LSS-202ENST00000397728 4936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 GPR108-202ENST00000430424 2009 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 CRY2-211ENST00000616080 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 UNC119B-201ENST00000344651 4404 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 CCDC6-201ENST00000263102 5811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 MAP3K3-202ENST00000361733 3529 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 HSD17B7P2-202ENST00000494540 1401 ntTSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 TSC22D3-203ENST00000372383 2266 ntTSL 2 BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 SENP1-204ENST00000549518 2260 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 VSIG10-202ENST00000359236 4946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.68■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 KIF3A-202ENST00000378746 6325 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 PLPPR5-202ENST00000370188 4139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 OLA1-202ENST00000344357 1656 ntTSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 TAP2-201ENST00000374897 5684 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 MRTO4-201ENST00000330263 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 SYNM-201ENST00000328642 3960 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 FAM76B-201ENST00000358780 3952 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 PAK4-208ENST00000599386 5735 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 TSPAN12-202ENST00000415871 1495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 HACD3-206ENST00000565299 1465 ntTSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 CNTRL-208ENST00000373865 1917 ntTSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 SMAGP-202ENST00000398453 1062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 TMEM247-204ENST00000434431 680 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 U91328.1-201ENST00000437528 223 ntBASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 AL139010.1-201ENST00000454878 894 ntBASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 INE1-201ENST00000456273 945 ntBASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 RN7SL752P-201ENST00000463779 287 ntBASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 SDHAP3-202ENST00000515467 728 ntBASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 NEIL2-207ENST00000528323 998 ntTSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 TAGLN-206ENST00000530649 1227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 CSF1R-209ENST00000543093 921 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 AL132711.1-201ENST00000557546 722 ntTSL 3 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 AC007216.4-201ENST00000574364 562 ntTSL 4 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 ZNF586-205ENST00000598885 578 ntTSL 4 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 CHCHD2P3-201ENST00000603038 451 ntBASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 MRNIP-225ENST00000610475 810 ntTSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 CANX-201ENST00000247461 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 SLC9A1-203ENST00000374086 2183 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 PCM1-206ENST00000518537 2171 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 IGLON5-201ENST00000270642 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 CLN3-201ENST00000333496 1608 ntTSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 ZNF408-201ENST00000311764 2442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 CARMIL3-201ENST00000342740 4597 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 FKBP6-202ENST00000413573 1507 ntTSL 5 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 TLL1-204ENST00000507499 4818 ntTSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 KRT12-201ENST00000251643 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 LAT2-201ENST00000275635 1869 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 SLC10A3-204ENST00000393587 1862 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.67■□□□□ 0.1
CCDC3Q9BQI4 KANK2-201ENST00000586659 5162 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.67■□□□□ 0.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.9 ms