Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 AHCYL1-202ENST00000369799 4015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 KRT35-201ENST00000246639 1778 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 OGDH-204ENST00000443864 1744 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 NINJ2-201ENST00000305108 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 EDN2-201ENST00000372587 1241 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 APOC3-202ENST00000375345 604 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 NDUFC1-203ENST00000394228 761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AP000345.1-201ENST00000454863 569 ntTSL 4 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AC022137.2-201ENST00000503482 481 ntBASIC23.78■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 CCKBR-202ENST00000525014 792 ntTSL 4 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 GCHFR-203ENST00000558670 412 ntTSL 3 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 SNAP25-AS1-208ENST00000605592 556 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 TP73-213ENST00000604479 1623 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 IQCE-212ENST00000476665 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AHCYL1-203ENST00000393614 4313 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 DYNC1LI2-203ENST00000443351 1502 ntTSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 ZCCHC17-206ENST00000616393 1534 ntTSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 SPDEF-202ENST00000544425 1866 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 UNC5C-203ENST00000506749 2220 ntTSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 LRRC20-206ENST00000395011 2903 ntTSL 4 BASIC23.78■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 BUD13-202ENST00000375445 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 GDPD5-214ENST00000533784 2441 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 FBLN7-203ENST00000409450 1394 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 BLK-205ENST00000529894 2017 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 PCSK4-201ENST00000300954 2661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 BRF1-202ENST00000379932 884 ntTSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 IFI27L1-201ENST00000393115 674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 MPV17-206ENST00000402722 827 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AC007405.2-202ENST00000418106 540 ntTSL 4 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 CGB8-201ENST00000448456 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 LINC01585-201ENST00000500496 1295 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 TROAP-207ENST00000548311 623 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AC090825.1-203ENST00000558188 582 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 CMTM3-212ENST00000566121 572 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 AC007611.1-201ENST00000568150 826 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 SNAI3-AS1-206ENST00000569786 588 ntTSL 3 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 BTNL10-201ENST00000595971 695 ntBASIC23.77■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 INTS11-203ENST00000419704 1798 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 USE1-206ENST00000595101 1776 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 ALOX12-AS1-201ENST00000399540 1730 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 TCEA2-203ENST00000361317 1427 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 FDFT1-202ENST00000443614 1393 ntTSL 2 BASIC23.77■■□□□ 1.4
TCOF1Q13428 CHIA-201ENST00000343320 1624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.77■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 VCAN-204ENST00000502527 2087 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 CARTPT-201ENST00000296777 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 CSHL1-203ENST00000346606 659 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 PLAC9-201ENST00000372263 785 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 APOA1-204ENST00000375323 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 MIR1247-201ENST00000408206 136 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 AL353747.3-201ENST00000454185 579 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 AC108142.1-201ENST00000505389 286 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 TDH-203ENST00000531764 1110 ntBASIC23.76■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 AL118558.1-202ENST00000557242 451 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 RORA-AS1-205ENST00000559824 761 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 ANAPC11-216ENST00000579133 563 ntTSL 3 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 SPATA21-205ENST00000540400 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 UBQLN1-201ENST00000257468 2299 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 FAM53A-207ENST00000489363 2776 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 POLL-217ENST00000628479 1953 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 AP1M1-211ENST00000590756 1705 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 PPP1R1B-205ENST00000579000 1466 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 CCDC90B-203ENST00000525503 1919 ntTSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 ENOSF1-209ENST00000580982 1397 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 IL11-201ENST00000264563 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 CALCB-202ENST00000523376 2258 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 ZNF143-213ENST00000530463 2022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 HMBS-216ENST00000543090 1347 ntTSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 FAM218A-201ENST00000513876 2175 ntAPPRIS P1 BASIC23.76■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 NIPAL3-204ENST00000374399 1711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 PHGDH-223ENST00000641597 2585 ntAPPRIS P1 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 BATF2-201ENST00000301887 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 AC139149.1-202ENST00000442532 783 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 AC012531.3-201ENST00000513209 777 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 RMDN1-212ENST00000519966 1164 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 AC136475.5-202ENST00000524824 587 ntTSL 4 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 RN7SL190P-201ENST00000582519 257 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 C7orf49-201ENST00000393114 1482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 CDH24-201ENST00000267383 2873 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 SEPT8-201ENST00000296873 4394 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 ZC2HC1C-202ENST00000439583 1509 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 F3-201ENST00000334047 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 EN2-201ENST00000297375 3395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 MFGE8-215ENST00000566497 1689 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 SENP6-202ENST00000370010 4644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 POU4F2-201ENST00000281321 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 LDLRAP1-201ENST00000374338 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 TNFRSF12A-202ENST00000341627 881 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 IGHV3-16-201ENST00000390604 425 ntAPPRIS P1 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 USB1-202ENST00000423271 1217 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 KRT43P-201ENST00000434019 910 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 CTBP2P5-201ENST00000454986 1264 ntBASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 CRYGN-205ENST00000491928 698 ntTSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 CDKN2AIP-205ENST00000510928 860 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 AL133523.1-201ENST00000554537 331 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 RIC8A-217ENST00000626818 159 ntTSL 5 BASIC23.75■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 TSG101-204ENST00000536719 2101 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
TCOF1Q13428 AC024909.3-201ENST00000611513 2257 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
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