Protein–RNA interactions for Protein: Q01955

COL4A3, Collagen alpha-3(IV) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,670 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A3Q01955 AL365277.1-206ENST00000417869 487 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 AC016694.1-201ENST00000434179 700 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 PQBP1-207ENST00000447146 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 AL365277.1-204ENST00000450157 599 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 PFN1P12-201ENST00000455938 534 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 AL365277.1-203ENST00000458207 693 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 GTF2H2-204ENST00000517900 659 ntTSL 5 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 AC015910.1-201ENST00000579400 975 ntBASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 OCEL1-213ENST00000601529 942 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 SEPT2-245ENST00000616972 3446 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 ALOX12-201ENST00000251535 2358 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 RNASEH1-201ENST00000315212 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 WT1-203ENST00000379079 2466 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 NRP1-203ENST00000374821 1988 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 AL079303.2-201ENST00000555107 2613 ntTSL 3 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 MIB2-201ENST00000355826 3290 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 TUBA3E-201ENST00000312988 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 ACP5-202ENST00000412435 1527 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 AC109460.3-201ENST00000569969 5296 ntTSL 2 BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 KLK3-202ENST00000360617 1664 ntTSL 1 (best) BASIC16.13■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 IL11RA-202ENST00000441545 1700 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 CXCL14-202ENST00000512158 1760 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 JMJD4-206ENST00000615711 2591 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 KNCN-202ENST00000396314 608 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 HSPC324-201ENST00000411904 557 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 C1orf210-201ENST00000423420 629 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 AC053503.1-201ENST00000429882 519 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 SELENOW-201ENST00000509570 881 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 AP002992.1-201ENST00000527519 491 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 LINC01233-203ENST00000601708 494 ntTSL 3 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 COPS9-205ENST00000607357 418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 HTT-AS1_1.1-201ENST00000612914 230 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 CYP46A1-201ENST00000261835 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 CDK8-201ENST00000381527 3055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 OSTF1-201ENST00000346234 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 CLU-215ENST00000523500 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 ASIC2-201ENST00000225823 3443 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 GAL3ST4-201ENST00000360039 2537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 UBE3B-212ENST00000540230 1541 ntTSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 TMEM39B-201ENST00000336294 1813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 PARVG-206ENST00000444313 3523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 MPP1-205ENST00000413259 2195 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 LRP8-207ENST00000465675 2670 ntTSL 2 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 PAK4-203ENST00000360442 2855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.12■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 CGB5-201ENST00000301408 841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 UBXN1-202ENST00000301935 1153 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 MIR663B-201ENST00000408361 115 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 AP000350.4-201ENST00000433835 788 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 PHKG1P2-201ENST00000457537 863 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 AC115284.1-201ENST00000488257 547 ntTSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 PDCD6-202ENST00000505221 672 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 RPL8-205ENST00000527914 551 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 AL031600.1-201ENST00000563610 570 ntTSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 AC139099.3-201ENST00000572850 472 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 KLK3-211ENST00000597483 810 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 METTL26-214ENST00000614890 801 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 UBXN1-218ENST00000616865 1002 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 CLDND1-215ENST00000507874 1380 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 HARS-202ENST00000415192 1401 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 SIGLEC12-203ENST00000598614 1434 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 APOBEC3A-202ENST00000402255 1478 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 LTK-204ENST00000561619 1821 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 ARHGEF25-208ENST00000616622 2103 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 MANSC1-201ENST00000396349 2220 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 SLC52A1-201ENST00000254853 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 PAK4-202ENST00000358301 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 KMT5A-201ENST00000330479 3069 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 WIPF1-201ENST00000272746 3028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 FAM120AOS-201ENST00000375412 2771 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 PCDHA2-201ENST00000378132 2626 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 MMP17-206ENST00000535291 2301 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 SACS-AS1-201ENST00000443092 2234 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 MPP2-208ENST00000520305 2111 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 TTLL3-213ENST00000430793 2097 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 TGIF1-201ENST00000330513 1980 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 SNRPD3-201ENST00000215829 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 TRIML1-201ENST00000332517 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 LMNA-203ENST00000368297 1679 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 OS9-205ENST00000413095 1660 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 MAGEA2-202ENST00000598543 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 P2RY4-201ENST00000374519 1595 ntAPPRIS P1 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 EIF4EBP3-201ENST00000310331 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 GTF2A2-204ENST00000396063 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 LINC01534-201ENST00000425254 815 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 CXorf40A-211ENST00000450602 1204 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 AC104306.2-201ENST00000451877 341 ntBASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 AP000552.1-208ENST00000452952 576 ntTSL 4 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 DMKN-216ENST00000458071 510 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 AC006487.1-201ENST00000514506 1221 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 AP003096.1-203ENST00000564469 563 ntTSL 3 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 STXBP2-221ENST00000602355 716 ntTSL 2 BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 FP565260.6-205ENST00000624120 898 ntTSL 1 (best) BASIC16.11■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 CHST8-201ENST00000262622 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
COL4A3Q01955 TRPC6-202ENST00000348423 2448 ntTSL 1 (best) BASIC16.1■□□□□ 0.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.3 ms