Protein–RNA interactions for Protein: Q9BY43

CHMP4A, Charged multivesicular body protein 4a, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP4AQ9BY43 LAMC1-201ENST00000258341 7889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 SH2B3-202ENST00000538307 2062 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 ESYT2-206ENST00000613624 2766 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 LRP8-207ENST00000465675 2670 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 NMU-201ENST00000264218 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 MAP9-202ENST00000379248 1165 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 TCF20-203ENST00000404876 1058 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 ESPNP-202ENST00000414828 571 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 ARL6IP1-202ENST00000546206 1107 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 AC190387.1-201ENST00000551683 408 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 AC044860.1-202ENST00000559481 777 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 AL450472.2-201ENST00000603663 1156 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 HDDC2-203ENST00000608284 538 ntTSL 3 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 AC008738.7-201ENST00000609744 511 ntBASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 POLG2-201ENST00000539111 1564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 ADSL-220ENST00000636714 1734 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 AC068831.3-201ENST00000553321 1858 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 NBPF15-202ENST00000488031 4535 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 RNF112-201ENST00000461366 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 CCDC28A-201ENST00000332797 1496 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 UNG-201ENST00000242576 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 EYA2-208ENST00000497062 2384 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 LY6K-205ENST00000522591 2724 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 GSKIP-201ENST00000438650 2140 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 TMUB2-204ENST00000538716 1953 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 SENP6-205ENST00000447266 6501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 ATP6AP2-201ENST00000378438 2022 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 NR2E3-204ENST00000621736 2032 ntTSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 HMGA1-204ENST00000401473 1887 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 EPM2A-201ENST00000367519 3465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 AC009053.2-201ENST00000563701 2365 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 TMEM52-201ENST00000310991 929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 ZSCAN2-203ENST00000334141 993 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 STPG3-201ENST00000388931 1207 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 ADM2-201ENST00000395737 535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 AC236430.1-201ENST00000402231 743 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 SHBG-204ENST00000441599 973 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 SPTLC1P1-201ENST00000447199 261 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 LINC02387-201ENST00000541749 868 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 AC092337.1-201ENST00000568699 1129 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 AC138761.1-201ENST00000584393 385 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 ABCG5-201ENST00000260645 2740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 PNMA6E-202ENST00000633844 2596 ntTSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 CHAD-203ENST00000508540 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 GFAP-233ENST00000639277 1783 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 ADAM22-202ENST00000398201 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 VSTM2A-204ENST00000407838 3112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 ZBTB47-202ENST00000505904 2456 ntTSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 SNRPN-201ENST00000346403 1304 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 EIF4E1B-203ENST00000504597 1676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 APBA2-207ENST00000558402 4031 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 SLC9A2-201ENST00000233969 5410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 TAF1B-201ENST00000263663 2387 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 SLC17A7-204ENST00000600601 2237 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 ZDHHC13-202ENST00000446113 2445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 KRT73-201ENST00000305748 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 PTPN5-202ENST00000396166 2299 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 UQCC3-202ENST00000531323 2288 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 REXO1L1P-202ENST00000608646 1974 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 CYP2T1P-202ENST00000641596 2535 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 CRLF2-203ENST00000400841 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 IFT20-202ENST00000357896 974 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 SFT2D1-201ENST00000361731 1079 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 AL353779.1-201ENST00000434793 351 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 AC093004.1-201ENST00000508850 424 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 NDUFAF2-203ENST00000511107 586 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 SNHG6-201ENST00000520348 648 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 AP000943.3-201ENST00000536540 954 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 POLD4-211ENST00000539074 714 ntTSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 COX11-202ENST00000571584 1108 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 AC040162.1-202ENST00000573493 573 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 MYMX-202ENST00000576476 682 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 SECTM1-202ENST00000580437 1030 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 ZNF226-211ENST00000588742 447 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 AC004233.3-201ENST00000607794 1269 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 JHDM1D-AS1-201ENST00000566699 2380 ntBASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 BRD3-201ENST00000303407 5652 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 NR2C1-201ENST00000330677 2014 ntTSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 ZBTB44-201ENST00000357899 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 HHATL-205ENST00000441594 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 STUM-201ENST00000366788 7705 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 NDRG2-211ENST00000397858 2054 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 SERINC2-205ENST00000536384 2062 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 AC004233.2-201ENST00000573315 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 IGHA1-202ENST00000641837 1310 ntAPPRIS P5 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 EWSR1-206ENST00000397938 2654 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 ZNF281-203ENST00000367353 3080 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 TSPEAR-202ENST00000397916 2114 ntTSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 PRKCSH-217ENST00000592741 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 AC104809.1-201ENST00000425110 2345 ntTSL 2 BASIC20.47■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 VASN-201ENST00000304735 2806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 CLCN2-205ENST00000457512 2820 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 LRRC58-201ENST00000295628 7903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 DEK-201ENST00000244776 1441 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 DCP1B-201ENST00000280665 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
CHMP4AQ9BY43 YARS2-201ENST00000324868 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.46■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.3 ms