Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 ELAVL2-208ENST00000544538 3789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 RUNX1T1-246ENST00000523629 7537 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 PITPNA-201ENST00000313486 3912 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 CLPTM1L-216ENST00000630539 2032 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC007326.2-201ENST00000624224 7579 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 LETM2-201ENST00000297720 1693 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 SHISA5-219ENST00000612611 1677 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 NFE2L3-201ENST00000056233 3686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 ARID4B-202ENST00000349213 5811 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 DCAF5-201ENST00000341516 5953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 FLJ38576-201ENST00000623820 2459 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 DUSP18-206ENST00000407308 1978 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 TLX1-201ENST00000370196 2906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 ETFA-203ENST00000557943 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 COMMD6-203ENST00000377615 1793 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 MTFR2-203ENST00000420702 1793 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 PCDHA12-202ENST00000613593 2588 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 CIDEA-201ENST00000320477 828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 SPDYE19P-201ENST00000338590 713 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 NGF-201ENST00000369512 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC006001.2-201ENST00000448096 393 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 DOC2GP-202ENST00000514950 1163 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 LINC00824-206ENST00000523173 920 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 YEATS4-202ENST00000548020 1100 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC012173.1-201ENST00000567942 430 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 SLC47A1-209ENST00000575023 2224 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 HFE2-205ENST00000497365 1419 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 OSBPL10-201ENST00000396556 6600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC104407.1-201ENST00000511017 1568 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 FADS1-216ENST00000542506 1725 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 LINC01144-201ENST00000626198 1710 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 HS2ST1-201ENST00000370550 6736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 SLC29A1-208ENST00000393844 2326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 SH2B1-216ENST00000618521 2935 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 COL11A2-201ENST00000341947 6425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 TDH-201ENST00000525246 1357 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 POLR3H-202ENST00000355209 4416 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 CLCNKB-204ENST00000619181 1544 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 FBXO4-201ENST00000281623 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 NFATC4-204ENST00000424781 5488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC226118.1-201ENST00000515213 2146 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 ARHGEF10-201ENST00000349830 5590 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 TPD52L1-213ENST00000534000 2356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 CC2D1B-202ENST00000371586 5642 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 ADGRG3-202ENST00000450388 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 TOM1-201ENST00000382034 1300 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 MAPT-215ENST00000574436 1326 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 KAZN-201ENST00000361144 3838 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 CD244-203ENST00000368034 2463 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 FADS2-202ENST00000278840 3630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 PRORSD1P-202ENST00000563365 2154 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AFTPH-202ENST00000238856 4040 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 ARCN1-203ENST00000392859 1709 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 DCAF12L2-201ENST00000360028 2599 ntAPPRIS P1 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 CA12-203ENST00000422263 2556 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 SEPHS1-201ENST00000327347 3273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 MTA2-204ENST00000527204 2265 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 DKKL1-201ENST00000221498 1222 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 ACRV1-201ENST00000315608 1042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 ACTA1-201ENST00000366683 1122 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC098614.1-201ENST00000368528 745 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 OSM-203ENST00000403463 464 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC087499.6-201ENST00000411576 835 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AL136311.1-206ENST00000416069 899 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 RASL12-203ENST00000434605 982 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 Z98749.2-207ENST00000443658 679 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AL161757.4-201ENST00000554149 621 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AC126696.2-201ENST00000563687 522 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 ALDH3B1-203ENST00000612297 1231 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 GFOD2-203ENST00000602377 1991 ntTSL 4 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 SCAMP4-201ENST00000316097 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 TMEM51-202ENST00000376014 1843 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 MAGEA2-201ENST00000595583 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 NOS3-210ENST00000484524 2537 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 TOM1L1-221ENST00000575882 2507 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 ARHGAP33-201ENST00000007510 2545 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 MARCH2-208ENST00000602117 1667 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 IMPDH1P4-201ENST00000445028 1534 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 GSTO2-203ENST00000450629 1391 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AL391825.1-201ENST00000457671 1364 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 MTA1-207ENST00000435036 2888 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 ELMSAN1-201ENST00000286523 8091 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 DNAJB8-AS1-201ENST00000471626 1798 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 GALNT14-201ENST00000324589 2169 ntTSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 NKILA-202ENST00000614771 2598 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 TTC6-206ENST00000553443 5833 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 VASH1-203ENST00000554237 1462 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 PACSIN2-205ENST00000407585 3080 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 POLI-208ENST00000579534 6133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 AL583722.1-201ENST00000540171 1307 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 TTC8-216ENST00000614125 2377 ntTSL 5 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 STAT5B-201ENST00000293328 5103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 STOX1-204ENST00000399169 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 GSKIP-205ENST00000555181 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 CIAPIN1-207ENST00000565961 1814 ntTSL 3 BASIC15.71■□□□□ 0.11
CCDC3Q9BQI4 SH3BP2-207ENST00000503393 9158 ntTSL 1 (best) BASIC15.71■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28.1 ms