Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 CCNY-202ENST00000339497 4630 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ACSL6-201ENST00000296869 2561 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AZI2-205ENST00000420543 1366 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 DNM1-201ENST00000341179 3254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 DRG1-201ENST00000331457 1746 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 FAM156B-202ENST00000509613 1701 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SMARCD2-202ENST00000323347 1935 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 PAX3-206ENST00000392070 2258 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CAMK2B-208ENST00000395747 1557 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SLC34A1-204ENST00000512593 1912 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 UBE2D1-204ENST00000615793 2621 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 UGT8-201ENST00000310836 4084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 BUD13-202ENST00000375445 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 MAGEA12-202ENST00000393869 1761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 NKAIN4-202ENST00000370313 1421 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 PCBP4-201ENST00000322099 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 RSRP1-202ENST00000431849 1954 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 PDE1B-201ENST00000243052 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 LOX-206ENST00000639739 1626 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 PITPNM2-AS1-201ENST00000506255 2191 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 FEM1C-201ENST00000274457 5816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 DPY30-201ENST00000295066 631 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 VSTM1-201ENST00000338372 1023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 DPY30-202ENST00000342166 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 MRPS16-201ENST00000372940 866 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 PIGU-202ENST00000374820 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 IL32-206ENST00000440815 920 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 IL32-207ENST00000444393 892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 TMEM176A-202ENST00000461345 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CDKN2A-209ENST00000498628 926 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AC098859.1-201ENST00000502915 1238 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CTBP1-AS2-204ENST00000514984 533 ntTSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 EEF1D-223ENST00000528610 923 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 IL32-219ENST00000531965 746 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 IL32-223ENST00000534507 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AP000777.2-201ENST00000539897 501 ntTSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 IL32-226ENST00000548476 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 IL32-227ENST00000548652 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 Z97055.2-201ENST00000563715 859 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 PIN1-206ENST00000587625 878 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 FAM197Y3-203ENST00000618346 717 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CDK18-201ENST00000360066 3141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AC011270.2-201ENST00000624293 2550 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 RAD23B-201ENST00000358015 4119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 JMY-201ENST00000396137 9042 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ABTB1-206ENST00000468137 2065 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 NOMO2-203ENST00000543392 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 HSP90B1-210ENST00000614327 1338 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 PTEN-201ENST00000371953 9027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 TMEM132D-202ENST00000422113 5776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ZNF7-207ENST00000528372 2905 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
SDC1P18827 KCNMA1-251ENST00000639090 4319 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 C14orf93-207ENST00000397382 1986 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 EPS8L2-231ENST00000614442 3188 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 KLF11-201ENST00000305883 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SYNCRIP-202ENST00000369622 3023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 C1QTNF2-201ENST00000393975 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 TMEM25-206ENST00000442938 2228 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ZNF786-202ENST00000491431 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 TLE3-215ENST00000559048 2918 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 PCDHA12-201ENST00000398631 5233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SOX30-202ENST00000311371 2716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CYB5A-203ENST00000397914 619 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AL355306.1-201ENST00000415580 579 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 PRSS21-202ENST00000450020 1106 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CUTA-210ENST00000488034 769 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 HIST4H4-204ENST00000539745 577 ntAPPRIS P1 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AL135744.1-201ENST00000565098 629 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AC061975.2-201ENST00000581722 295 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 STX10-207ENST00000589083 1241 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SPTSSB-204ENST00000617024 1292 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AC091812.2-201ENST00000619081 385 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 TMED7-TICAM2-202ENST00000333314 3453 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 RBFOX3-212ENST00000584778 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 TMEM19-201ENST00000266673 5656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SPATA20-202ENST00000356488 2634 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 RTL6-201ENST00000341255 5495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SF3A2-201ENST00000221494 1963 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CYB561D1-205ENST00000430195 5077 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 AKAP8P1-201ENST00000434743 1349 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ETV2-205ENST00000479824 1342 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CLN3-216ENST00000565316 1318 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 GLIDR-204ENST00000638724 1765 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 NFATC1-207ENST00000545796 3558 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 SLC20A1-201ENST00000272542 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CLDN19-202ENST00000372539 1586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 GPR61-206ENST00000616874 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 TNFRSF14-AS1-202ENST00000432521 3608 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ZFP41-201ENST00000330701 4797 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 PRR5-203ENST00000403581 2279 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CAST-224ENST00000508830 2539 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CD14-202ENST00000401743 1648 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 TSSC2-204ENST00000529482 2337 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 CHRD-201ENST00000204604 3521 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 ACOX3-202ENST00000413009 2374 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 PPP1R26-202ENST00000401470 4769 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 NRBP1-201ENST00000233557 2887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
SDC1P18827 BDP1-202ENST00000380675 2861 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36 ms