Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 FAM53A-201ENST00000308132 2802 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AADAT-208ENST00000515480 2193 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 TEF-201ENST00000266304 4394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 URAHP-202ENST00000409873 1349 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 MYO3A-206ENST00000543632 2203 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 BNIP3P1-202ENST00000550043 1585 ntBASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 KIFC2-201ENST00000301332 3646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 SMARCA4-203ENST00000429416 5691 ntTSL 2 BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 ZMYM3-203ENST00000373981 1841 ntTSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 SPATS1-201ENST00000288390 1354 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 GALNT18-201ENST00000227756 2504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.38■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AC103702.1-201ENST00000548801 2630 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 ZNF789-201ENST00000331410 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AP001282.1-201ENST00000531301 1499 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AL163636.2-201ENST00000553909 1498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 SAMM50-201ENST00000350028 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 SLC47A1-209ENST00000575023 2224 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 CERCAM-202ENST00000372842 5201 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 HNRNPF-204ENST00000443950 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 ERICH5-201ENST00000318528 1761 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 FBF1-205ENST00000586717 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 TMEM101-201ENST00000206380 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 ZBTB45P2-201ENST00000452245 1531 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 ALG5-201ENST00000239891 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 SPATC1L-202ENST00000330205 1182 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 CC2D2B-203ENST00000423344 1241 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 RPL13P2-201ENST00000440687 659 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AC100810.1-201ENST00000518822 978 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 PNOC-204ENST00000522209 1007 ntTSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 LINC02298-201ENST00000546968 965 ntTSL 5 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AC133919.2-202ENST00000563515 416 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 CTBP2P3-201ENST00000585629 1255 ntBASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 NOP53-AS1-201ENST00000602048 540 ntTSL 4 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 CCDC142-201ENST00000290418 2835 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 VEZF1-202ENST00000581208 2321 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 CCDC112-205ENST00000506442 2145 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 NSUN5-202ENST00000310326 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 SPAG6-202ENST00000376603 2770 ntTSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 NR4A1-204ENST00000394825 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 PKN3-201ENST00000291906 3375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.37■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 SPAST-202ENST00000345662 5116 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 VPS37A-201ENST00000324849 4906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 USP27X-201ENST00000621775 2618 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 SIPA1-209ENST00000534313 3521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 OLA1-201ENST00000284719 4417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 WHAMMP3-203ENST00000621139 4494 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 SMIM5-201ENST00000375215 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 TLE4-206ENST00000376552 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 PLA2G12A-201ENST00000243501 5226 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 COL8A2-202ENST00000397799 4670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 PEX6-202ENST00000304611 3478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 MRPL55-201ENST00000295008 632 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 CTRB1-201ENST00000361017 858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 KIAA0907-201ENST00000368319 1155 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 C1orf68-201ENST00000368775 949 ntAPPRIS P1 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AL133456.1-201ENST00000415655 577 ntTSL 4 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AC098850.1-201ENST00000419919 790 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AL161638.1-201ENST00000420354 481 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AL109811.2-201ENST00000447600 487 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 PDCD6-202ENST00000505221 672 ntTSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 GABARAPL2-202ENST00000563744 791 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 SNHG15-207ENST00000582727 1039 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 YPEL2-205ENST00000585166 881 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 TMEM261P1-201ENST00000604899 340 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 LINC01115-203ENST00000606068 577 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AL391069.4-201ENST00000609583 481 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 NKAIN1-201ENST00000373736 2589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 NKILA-202ENST00000614771 2598 ntBASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 PPP4R3A-208ENST00000555462 3236 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 TOM1L2-201ENST00000318094 2259 ntTSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 PHRF1-202ENST00000413872 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 UCKL1-203ENST00000369908 1954 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 MGME1-203ENST00000377710 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 DMAC2-201ENST00000221943 1692 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 LIN54-204ENST00000505397 2742 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 ING4-202ENST00000396807 1393 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 CLPTM1L-209ENST00000507807 1740 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 SGSH-201ENST00000326317 2784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 GJA3-201ENST00000241125 5211 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 CCDC62-201ENST00000253079 3546 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 DNM2-201ENST00000355667 3541 ntTSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 CHST11-205ENST00000549260 5696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 DUSP13-210ENST00000491677 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 TOM1L1-221ENST00000575882 2507 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 ABLIM2-203ENST00000361737 3396 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AL079303.2-201ENST00000555107 2613 ntTSL 3 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 EXTL3-201ENST00000220562 6483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 ABCA1-203ENST00000423487 1540 ntTSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 PHF1-202ENST00000374516 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 ST6GALNAC6-216ENST00000622357 2396 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 POLR1D-207ENST00000621089 1606 ntTSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AC005052.1-201ENST00000625181 2492 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 AC022211.2-201ENST00000585075 2527 ntBASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 NDUFB7-201ENST00000215565 531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
HOXC11O43248 BANF1-201ENST00000312175 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.35■□□□□ 0.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 89.8 ms