Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y4P1

ATG4B, Cysteine protease ATG4B, humanhuman

Predictions only

Length 393 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4BQ9Y4P1 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 CRLF2-202ENST00000381567 1013 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 AL137003.1-201ENST00000423260 491 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 NDUFB2-202ENST00000460088 420 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 AC002116.1-201ENST00000473572 1130 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 SMIM15-AS1-201ENST00000506902 796 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 AC012173.1-201ENST00000567942 430 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 TVP23B-206ENST00000574226 1080 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 IL11-202ENST00000585513 1201 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 METTL23-203ENST00000586738 1059 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 METTL23-205ENST00000588302 925 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 PDCD6-214ENST00000628729 1073 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 REPS1-208ENST00000450536 4537 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 APBB1-202ENST00000311051 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 NFATC4-202ENST00000413692 5700 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 BCAR1-206ENST00000535626 2894 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 PRKD2-216ENST00000601806 2906 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 ARHGEF16-202ENST00000378373 2211 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 GDE1-201ENST00000353258 2958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 PCDHA1-203ENST00000504120 5263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 LFNG-205ENST00000402506 2268 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 KLC1-207ENST00000445352 2416 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 C1QTNF6-202ENST00000397110 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 EPS8-201ENST00000281172 4061 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 APBB2-204ENST00000502841 1681 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 SDC4-201ENST00000372733 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 FAM131B-206ENST00000443739 4382 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 ZMYND12-201ENST00000372565 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 ZFAND5-204ENST00000376960 2686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 KIFC1-211ENST00000428849 2706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 CDKN2AIP-203ENST00000504169 2721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 BNC1-201ENST00000345382 4610 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 CMKLR1-206ENST00000552995 1890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 HPCAL1-207ENST00000620771 1941 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 ZNF574-202ENST00000359044 2940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 ARL8B-201ENST00000256496 3005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 PCTP-201ENST00000268896 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 PCSK5-205ENST00000545128 9538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 AL445931.1-201ENST00000412181 2112 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 FP565260.3-204ENST00000623795 2238 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 LOXL3-203ENST00000409249 2431 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 POR-218ENST00000461988 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 CENPM-201ENST00000215980 966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 CACNB2-206ENST00000377328 1233 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 CAPG-205ENST00000409921 1195 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 AL109613.1-202ENST00000427243 639 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 GPS2P2-201ENST00000430745 888 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 AC078942.1-201ENST00000448698 589 ntTSL 4 BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 AC024230.1-201ENST00000511431 889 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 ALG1L8P-201ENST00000533887 760 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 RARRES2P9-201ENST00000565168 469 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 PFN1-203ENST00000574872 1173 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 TNNT1-211ENST00000588426 683 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 AC243571.2-201ENST00000615265 628 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 EIF1B-AS1-206ENST00000631175 1303 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 GPR161-204ENST00000367838 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 FAM131A-203ENST00000383847 1483 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 LOH12CR2-201ENST00000381800 1540 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 QRICH1-201ENST00000357496 3083 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 ARPC1B-211ENST00000451682 1715 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 IRF3-217ENST00000597198 1741 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 TRAF3-204ENST00000539721 1786 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 PURB-201ENST00000395699 9069 ntAPPRIS P1 BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 CTIF-201ENST00000256413 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 TIMM44-201ENST00000270538 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 MPP2-208ENST00000520305 2111 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 ACOXL-201ENST00000340561 2188 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 MPP3-201ENST00000398389 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 ITGAV-202ENST00000374907 6903 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 PIPOX-201ENST00000323372 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 MXD1-201ENST00000264444 5587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 MICALL2-201ENST00000297508 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 UAP1L1-202ENST00000409858 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 ELF2-204ENST00000394235 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 DRG2-201ENST00000225729 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 SLAIN2-201ENST00000264313 6299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 CCNA2-201ENST00000274026 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 ROPN1L-201ENST00000274134 1066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 CCDC12-201ENST00000292314 1017 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 FEN1-201ENST00000305885 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 SOX14-201ENST00000306087 2055 ntAPPRIS P1 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 HSF5-201ENST00000323777 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 ANKRD17-201ENST00000330838 7734 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 BMP2K-201ENST00000335016 3804 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 MITF-204ENST00000352241 4814 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 ALDH3A1-202ENST00000395555 1495 ntTSL 3 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 LRRFIP2-205ENST00000421276 2522 ntTSL 2 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 RBPMS2P1-201ENST00000437762 623 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 BCS1L-212ENST00000439945 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 ACOX3-203ENST00000503233 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 FAM118B-206ENST00000529731 1028 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 ADCY7-203ENST00000537579 2090 ntTSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 AC098484.3-202ENST00000603943 1011 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.3■□□□□ 0.04
ATG4BQ9Y4P1 AC009093.7-201ENST00000623853 1223 ntBASIC15.3■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45 ms