Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 RPL28-205ENST00000558131 444 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AC023355.1-201ENST00000560323 752 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AC002398.2-201ENST00000587767 660 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 CYP2A7P1-201ENST00000595391 815 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 TMEM178A-206ENST00000618232 1286 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AJ011932.1-201ENST00000621707 465 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 LINC00628-201ENST00000628516 1289 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AC105339.1-204ENST00000636249 355 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AF228730.6-201ENST00000641497 218 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AC084121.3-201ENST00000641716 218 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AC105233.6-201ENST00000642093 218 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 DGAT2-202ENST00000376262 2324 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 GCAT-201ENST00000248924 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AC090286.1-201ENST00000354432 1489 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AL353732.1-201ENST00000569618 1459 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 KCNT1-206ENST00000486577 3760 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 ASB7-202ENST00000343276 1694 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 PACS1-209ENST00000529757 1688 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 PODNL1-201ENST00000254320 1859 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 SH2B1-201ENST00000322610 3095 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 NKIRAS1-202ENST00000412028 1605 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 ATRNL1-201ENST00000355044 8479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 CAMTA1-201ENST00000303635 8444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 MBP-202ENST00000355994 2772 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 LITAF-201ENST00000339430 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 TGIF1-201ENST00000330513 1980 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AL596087.1-201ENST00000400979 1969 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 THTPA-203ENST00000554789 1595 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 IRF8-203ENST00000563180 1394 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 SNAP91-205ENST00000439399 4452 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 APH1A-204ENST00000414276 1718 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 PBX1-215ENST00000559240 2866 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 TMTC2-203ENST00000548305 2682 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 MAP4K1-208ENST00000589130 2654 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 NF1-211ENST00000487476 2265 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 HNRNPH3-202ENST00000354695 1332 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 BICD1-205ENST00000550207 1328 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 FBXO28-201ENST00000366862 5451 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 MAGI1-216ENST00000497477 3555 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 F3-202ENST00000370207 1879 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 TMPO-AS1-202ENST00000548760 3357 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 ADORA1-203ENST00000367235 2219 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 CLN3-203ENST00000357806 1469 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 TUBB4A-201ENST00000264071 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 USP4-201ENST00000265560 3126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 SDR16C5-201ENST00000303749 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 STX10-201ENST00000242770 1099 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 MRPL16-201ENST00000300151 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 ITLN1-201ENST00000326245 1183 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 CKLF-204ENST00000362093 412 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 FAM24B-201ENST00000368896 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 HNRNPFP1-201ENST00000391730 1133 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 IL32-205ENST00000396890 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 Z97056.1-201ENST00000433230 556 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 LAMTOR4-206ENST00000473459 720 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 INGX-202ENST00000489074 768 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 IL32-223ENST00000534507 1112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 IL32-227ENST00000548652 812 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 IL32-233ENST00000552664 731 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AC004846.2-201ENST00000556578 777 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 ZFPM1-204ENST00000563351 808 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AC013565.3-202ENST00000570120 460 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AC092115.3-201ENST00000575838 592 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 RAMP2-205ENST00000589683 858 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 ATP6AP2-220ENST00000636970 1187 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 CDIP1-207ENST00000564828 1636 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 SLC46A2-201ENST00000374228 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 POR-218ENST00000461988 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 MCF2L-232ENST00000535094 3752 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 SLFNL1-201ENST00000302946 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 SMC4-204ENST00000462787 5033 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 PCGF1-201ENST00000233630 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 GFOD2-201ENST00000268797 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 DAAM2-211ENST00000633794 3871 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 CDK1-204ENST00000448257 1948 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AC073957.2-201ENST00000549241 1562 ntTSL 4 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 RUSC1-205ENST00000368354 3114 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 FBN1-205ENST00000560355 4109 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 CLSTN1-201ENST00000361311 4647 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 TXNRD2-214ENST00000491939 2238 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 KIF3A-202ENST00000378746 6325 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 HHATL-205ENST00000441594 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 PMS1-212ENST00000432292 3234 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AC025165.1-201ENST00000356672 2355 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 CANT1-211ENST00000591773 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 CACFD1-201ENST00000291722 2688 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 ARFGAP1-210ENST00000519273 3176 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 MARCO-201ENST00000327097 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 FBXL12-206ENST00000588922 1843 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 PAM-206ENST00000438793 5432 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 VWA2-203ENST00000603594 2600 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 PKD1L2-209ENST00000531391 1488 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 AL512625.3-203ENST00000445604 1602 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 CACNA2D2-203ENST00000423994 5329 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 DNAJB8-AS1-201ENST00000471626 1798 ntTSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 PANK2-209ENST00000621507 1763 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 C16orf92-201ENST00000300575 895 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 LYPLA2-204ENST00000374505 907 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
VPS4AQ9UN37 GK-202ENST00000378941 458 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.6 ms