Protein–RNA interactions for Protein: Q8N3C7

CLIP4, CAP-Gly domain-containing linker protein 4, humanhuman

Predictions only

Length 705 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP4Q8N3C7 MYADML2-201ENST00000409745 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 MBD1-210ENST00000457839 2473 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 KRT12-201ENST00000251643 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 B3GNT8-201ENST00000321702 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 GAS2L2-201ENST00000604063 2661 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 SMURF2-201ENST00000262435 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 SHROOM1-201ENST00000319854 3190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 ELAVL3-201ENST00000359227 4729 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 SP100-205ENST00000409824 1802 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 MYCBPAP-203ENST00000436259 3102 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 KCNH3-201ENST00000257981 3867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 CD1E-209ENST00000368164 869 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 MSANTD3-201ENST00000374885 786 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 UFD1-202ENST00000399523 1007 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 HMGA1P7-201ENST00000406908 502 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 AC009947.1-201ENST00000444350 727 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 POU5F1P6-201ENST00000466990 990 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 AC091182.1-202ENST00000518765 713 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 UNC93B6-202ENST00000528242 690 ntBASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 TRMT112-202ENST00000535126 704 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 COQ7-208ENST00000568985 714 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 GABARAP-204ENST00000571253 837 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 ANAPC11-210ENST00000574924 722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 AC092115.3-201ENST00000575838 592 ntTSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 LINC01128-210ENST00000609139 455 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 C18orf21-207ENST00000610527 1059 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 C18orf21-208ENST00000618334 856 ntTSL 3 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 ACTR3-208ENST00000535589 1530 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 MSMO1-202ENST00000393766 1789 ntTSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 MBD1-212ENST00000585672 2532 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 CPVL-202ENST00000396276 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 REEP4-202ENST00000334530 1476 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 LINGO1-204ENST00000561030 2677 ntTSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 RBM47-202ENST00000381793 4816 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 KLF11-201ENST00000305883 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 B4GALNT1-201ENST00000341156 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 ATP6AP2-225ENST00000637482 1648 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.25■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 SLC16A3-211ENST00000581287 4830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 AC093627.6-201ENST00000478759 1365 ntTSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 MYEF2-201ENST00000267836 2958 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 EPHB4-201ENST00000358173 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 CDKN1A-203ENST00000405375 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 KREMEN1-201ENST00000327813 2719 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 FOXRED2-204ENST00000397224 4967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 DSE-202ENST00000359564 4037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 SPHK2-210ENST00000599748 2683 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 AJ239322.1-201ENST00000419362 2209 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 FMO5-201ENST00000254090 2632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 BHMT2-205ENST00000521567 1537 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 LCMT2-202ENST00000567039 1545 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 BX276092.9-202ENST00000636096 1722 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 SHISA5-209ENST00000443308 1933 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 CANX-201ENST00000247461 4260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 EXOSC4-201ENST00000316052 887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 ANO1-201ENST00000316296 2118 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 SFTPC-201ENST00000318561 997 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 NRN1L-201ENST00000339176 710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 FNDC11-202ENST00000370098 1112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 IGLL3P-201ENST00000412472 434 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 VN2R19P-201ENST00000442399 1052 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 AL513480.1-201ENST00000451731 511 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 MTRF1LP2-201ENST00000506027 1122 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 RNA5SP415-201ENST00000517246 115 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 AC064807.1-201ENST00000518942 816 ntTSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 FCHSD1-204ENST00000519800 802 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 NCAM1-AS1-202ENST00000533638 618 ntTSL 4 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 LITAF-211ENST00000572255 516 ntTSL 4 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 LITAF-215ENST00000574763 717 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 AC020765.3-201ENST00000613051 740 ntBASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 TYSND1-202ENST00000335494 3397 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 KIAA0368-201ENST00000259335 7391 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 ALDOA-226ENST00000569798 1499 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 ANXA11-203ENST00000422982 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 LRRC20-206ENST00000395011 2903 ntTSL 4 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 CLEC18B-201ENST00000339953 1865 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 CLEC18C-202ENST00000536907 1865 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 C12orf65-201ENST00000253233 2073 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 CFLAR-204ENST00000341582 2056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 TBC1D2-203ENST00000375064 3174 ntTSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 ZNF302-207ENST00000505365 2955 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 CCT2-202ENST00000543146 2189 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 KIAA1211-206ENST00000541073 4117 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 FOXP3-206ENST00000557224 1371 ntTSL 2 BASIC15.24■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 TNRC18P2-201ENST00000417666 2714 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 MTCL1-203ENST00000400050 6042 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 AXIN2-202ENST00000375702 2541 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 POLL-206ENST00000370172 2308 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 GEM-202ENST00000396194 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 FLAD1-203ENST00000315144 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 TMEM127-201ENST00000258439 6266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 KNOP1-205ENST00000568230 1311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 DHRS7-212ENST00000611054 1321 ntTSL 5 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 NF2-210ENST00000413209 4733 ntTSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 VIPR1-204ENST00000438259 2427 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 AC010491.1-201ENST00000563101 2797 ntBASIC15.23■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 FAM227B-201ENST00000299338 2008 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 RGPD5-202ENST00000272454 2907 ntTSL 2 BASIC15.23■□□□□ 0.03
CLIP4Q8N3C7 GUK1-202ENST00000366716 940 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.23■□□□□ 0.03
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.5 ms