Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 PLXDC2-202ENST00000377242 2822 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 FNDC5-201ENST00000373471 2732 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 LINC00323-202ENST00000441268 2095 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 RALGDS-205ENST00000393160 3801 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 RTL6-201ENST00000341255 5495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 PML-215ENST00000565898 5393 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 SLC2A6-201ENST00000371897 2301 ntTSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 SGPP1-201ENST00000247225 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.44■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 PDCD5-203ENST00000419343 1799 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 TMTC4-203ENST00000376234 3483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 FBXO24-206ENST00000468962 1901 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 UGT3A2-204ENST00000513300 1924 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 REEP2-211ENST00000613650 1944 ntTSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 FOXRED2-203ENST00000397223 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 TRMT44-201ENST00000389737 2799 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 CCDC84-201ENST00000334418 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 CBX7-202ENST00000401405 784 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 SNRPB-202ENST00000438552 1008 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AC093459.1-202ENST00000438963 768 ntTSL 3 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 SLC35B4-204ENST00000470969 1033 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AC091544.3-201ENST00000556424 531 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 IGHV3-72-202ENST00000621503 303 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 PLXNC1-201ENST00000258526 7346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AC092171.3-201ENST00000610122 2651 ntBASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 MXD4-201ENST00000337190 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 BCAN-202ENST00000361588 2563 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 PHGDH-223ENST00000641597 2585 ntAPPRIS P1 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 ST3GAL6-214ENST00000483910 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 LEF1-201ENST00000265165 3068 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 SLC39A13-202ENST00000362021 2296 ntTSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 CD1D-201ENST00000368171 2253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 SSPN-201ENST00000242729 2788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 RBM47-212ENST00000514014 2419 ntTSL 2 BASIC16.43■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 ZSWIM8-201ENST00000398706 6062 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 FMNL1-201ENST00000328118 2330 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 F11R-206ENST00000621309 4770 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 GAPDH-201ENST00000229239 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 RASGRF1-202ENST00000419573 6294 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 CYTH2-204ENST00000452733 4780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 CHKA-201ENST00000265689 2530 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 HOXB5-201ENST00000239151 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 MRPS22-212ENST00000495075 1547 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 SEMA3B-213ENST00000618865 2925 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 PCDHA12-201ENST00000398631 5233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 CMA1-201ENST00000206446 633 ntTSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 C1orf68-201ENST00000368775 949 ntAPPRIS P1 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 WDR38-201ENST00000373574 1252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AL669831.5-201ENST00000434264 844 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AC087294.1-202ENST00000439136 487 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AC099552.3-201ENST00000454149 367 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 KBTBD4-203ENST00000525720 980 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AKIP1-211ENST00000534506 576 ntTSL 3 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AC105339.1-202ENST00000559535 1283 ntTSL 5 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AC087294.1-201ENST00000580291 1152 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AC024267.1-201ENST00000582320 895 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 TRAPPC6A-204ENST00000588062 695 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 ZNF586-205ENST00000598885 578 ntTSL 4 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AC013467.2-201ENST00000605472 835 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 FHL2-212ENST00000607522 759 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 MIR6799-201ENST00000620297 69 ntBASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 GPR152-201ENST00000312457 1429 ntAPPRIS P1 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 SGK3-206ENST00000520976 2483 ntTSL 2 BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 CCDC105-201ENST00000292574 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AC006277.1-201ENST00000624348 1610 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 SLC35E2B-204ENST00000614300 2156 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 RGPD8-201ENST00000302558 5576 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 TBRG4-202ENST00000361278 1917 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 PARP9-204ENST00000471785 3040 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 CRY2-211ENST00000616080 1936 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 SIRT6-201ENST00000305232 1506 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 BVES-202ENST00000336775 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 PTHLH-202ENST00000395868 1674 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 LRRN4-201ENST00000378858 2692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 ADAMTS4-201ENST00000367995 1961 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 NDUFB7-201ENST00000215565 531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 EBI3-201ENST00000221847 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 LCE3A-201ENST00000335674 270 ntAPPRIS P1 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 ZUFSP-201ENST00000368573 1225 ntTSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 CCL25-203ENST00000390669 924 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 RAC2-203ENST00000405484 842 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 CC2D2B-203ENST00000423344 1241 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 RASL12-203ENST00000434605 982 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 CD81-207ENST00000481687 890 ntTSL 2 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 TMEM5-AS1-201ENST00000546214 563 ntTSL 4 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AC007216.4-201ENST00000574364 562 ntTSL 4 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 LINC00207-204ENST00000605505 666 ntTSL 1 (best) BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AC008494.3-201ENST00000606615 944 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AC026979.3-201ENST00000607315 403 ntBASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 FAM227A-201ENST00000355830 2417 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.41■□□□□ 0.22
USP39Q53GS9 AC104407.1-201ENST00000511017 1568 ntTSL 3 BASIC16.41■□□□□ 0.22
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.5 ms