Protein–RNA interactions for Protein: Q9NVE4

CCDC87, Coiled-coil domain-containing protein 87, humanhuman

Predictions only

Length 849 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC87Q9NVE4 NCBP2-203ENST00000422610 676 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 ZMYND10-AS1-201ENST00000440013 250 ntTSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 CXorf40A-211ENST00000450602 1204 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 RPL13AP25-201ENST00000484130 612 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 RMDN1-212ENST00000519966 1164 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AP000812.2-201ENST00000538934 718 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 ACYP1-206ENST00000555694 565 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AC010491.1-202ENST00000567048 528 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 CLUHP6-201ENST00000580789 941 ntBASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AC024619.2-201ENST00000581964 517 ntTSL 5 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 RDM1-220ENST00000616596 1032 ntTSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 RDM1-228ENST00000620284 1177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 EDN3-202ENST00000337938 2636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 KRT86-201ENST00000293525 2091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 CYP4F3-202ENST00000585846 2056 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 RHBDF1-201ENST00000262316 2992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 APMAP-201ENST00000217456 2430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AC105760.2-201ENST00000418430 2341 ntTSL 2 BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 TJP3-205ENST00000587686 2946 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 SNAI2-201ENST00000020945 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.26■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 ZBTB46-203ENST00000395104 5198 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 HCN4-201ENST00000261917 7228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 NRSN1-203ENST00000378478 2408 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 SPDYE2B-203ENST00000507450 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 SPDYE2-203ENST00000507918 1742 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AC100861.1-202ENST00000500853 1970 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 RPL18A-201ENST00000222247 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 FAM169B-201ENST00000332908 579 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 ATP5D-202ENST00000395633 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 C1QBPP1-201ENST00000400117 770 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AC092506.1-202ENST00000401022 528 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 DERL3-204ENST00000406855 1063 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 CBFB-202ENST00000412916 2971 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 GOLGA2P4-201ENST00000441462 777 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 VDAC1P7-201ENST00000462417 847 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 SNHG12-210ENST00000483436 682 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AC106786.2-201ENST00000506859 561 ntTSL 4 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 OVOL1-AS1-202ENST00000532454 494 ntTSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 PLEKHB1-206ENST00000535129 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 LINC01089-209ENST00000542933 1220 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AL118558.1-202ENST00000557242 451 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 CX3CL1-203ENST00000564948 563 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AL354740.1-203ENST00000593917 424 ntTSL 3 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AC244517.4-201ENST00000624549 580 ntTSL 4 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 RETN-203ENST00000629642 400 ntTSL 5 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AL139099.5-201ENST00000635274 300 ntBASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 WDR70-202ENST00000504564 1526 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 FOXA1-201ENST00000250448 2862 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 TTLL10-202ENST00000379289 2259 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 CYP2S1-201ENST00000310054 2782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 ATP11A-AS1-201ENST00000446442 2192 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 PHF20L1-203ENST00000337920 2311 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 GRAPL-201ENST00000344415 1308 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 ARFIP1-202ENST00000356064 1302 ntTSL 1 (best) BASIC20.25■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 OGDH-204ENST00000443864 1744 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 FZD10-201ENST00000229030 3281 ntAPPRIS P1 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 FZD10-202ENST00000539839 3282 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 WNT2-201ENST00000265441 2907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 MPPE1-201ENST00000309976 1636 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 PRDM5-212ENST00000515109 2259 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 MIPEP-201ENST00000382172 2400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 IL18BP-204ENST00000393703 1788 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 SMIM5-201ENST00000375215 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 PDE6G-204ENST00000573076 1505 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 DCAF4-201ENST00000353777 1940 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 SHANK1-202ENST00000359082 6459 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AC106820.2-201ENST00000563775 3264 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 MRPL58-201ENST00000301585 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 MOGAT3-202ENST00000379423 933 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 IGHV3-16-201ENST00000390604 425 ntAPPRIS P1 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 TREX1-201ENST00000433541 1105 ntTSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AL355864.2-201ENST00000447420 863 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AP000552.1-208ENST00000452952 576 ntTSL 4 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AC007551.1-201ENST00000457394 519 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 POLR2F-208ENST00000470701 584 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 PLEKHA7-214ENST00000532079 565 ntTSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 LYSMD2-204ENST00000560491 1026 ntTSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AC020911.1-201ENST00000591038 578 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 COX6B1-204ENST00000592141 660 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 AC114737.3-201ENST00000636708 570 ntTSL 4 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 BTD-207ENST00000449107 1820 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 PLEKHM2-201ENST00000375793 4004 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 TMEM53-204ENST00000372243 1579 ntTSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 ORMDL3-201ENST00000304046 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 ZNRF3-201ENST00000402174 2667 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 PYCR1-201ENST00000329875 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 REXO1L8P-201ENST00000604378 1897 ntBASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 PSMF1-201ENST00000246015 2042 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 SARAF-201ENST00000256255 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.24■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 SLC25A43-201ENST00000217909 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 LHCGR-203ENST00000403273 1921 ntTSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 SLC44A3-206ENST00000527077 1943 ntTSL 2 BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 GYPC-202ENST00000356887 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 ZBTB32-201ENST00000262630 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 OPA3-202ENST00000323060 2250 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 ALDH3B1-204ENST00000614849 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 UPK3A-201ENST00000216211 1051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 POLR2I-201ENST00000221859 913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.23■□□□□ 0.83
CCDC87Q9NVE4 ZNF232-201ENST00000250076 2179 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.23■□□□□ 0.83
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.9 ms