Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 RNA5-8SN5-201ENST00000619471 153 ntBASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 NIN-203ENST00000382041 6496 ntTSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 LMAN1-201ENST00000251047 5521 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 MXD4-201ENST00000337190 4056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 MAP3K1-201ENST00000399503 7011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 METTL9-201ENST00000358154 3256 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CHD4-210ENST00000544040 6514 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 EDN3-202ENST00000337938 2636 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 NKAIN1-201ENST00000373736 2589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.81■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CTNNAL1-201ENST00000325551 2490 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AL139099.2-201ENST00000555043 2469 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 SLC1A5-205ENST00000594991 2031 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 DUOXA2-201ENST00000323030 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 PANK2-209ENST00000621507 1763 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 IRF3-217ENST00000597198 1741 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 TMEM161A-206ENST00000587583 1654 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CLCN7-202ENST00000382745 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 KCNQ2-207ENST00000370224 3004 ntTSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 MTCL1-203ENST00000400050 6042 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 TMEM120A-201ENST00000417509 1444 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 RASA4-202ENST00000449970 2787 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 RWDD4-202ENST00000327570 2590 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 H2AFV-201ENST00000222690 3804 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AL096814.1-202ENST00000372963 647 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 ARRB2-203ENST00000381488 1236 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 RBM39-205ENST00000397370 612 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 RPSAP31-202ENST00000445165 716 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AC093724.1-201ENST00000448659 1027 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AC136475.3-203ENST00000525217 617 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 TMEM5-AS1-201ENST00000546214 563 ntTSL 4 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 SLC8B1-206ENST00000549069 1058 ntTSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AC024267.1-201ENST00000582320 895 ntBASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 DBI-212ENST00000627305 620 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 PKM-216ENST00000565184 2503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 OGFR-201ENST00000290291 2410 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 SLC27A2-201ENST00000267842 2394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CAMK2B-204ENST00000350811 2292 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 IBA57-201ENST00000366711 7817 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 SLC9A7-205ENST00000616978 10024 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AFAP1-201ENST00000358461 7516 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 MFNG-201ENST00000356998 2088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 ACTRT3-201ENST00000330368 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 HS6ST3-201ENST00000376705 7804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 PACS2-202ENST00000430725 2944 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 KLHDC3-202ENST00000326974 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 SCP2-201ENST00000371509 1889 ntTSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 ATP5B-201ENST00000262030 1839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 BIN3-201ENST00000276416 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 NPY4R-202ENST00000612632 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 NPY4R2-202ENST00000613306 1800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 NPHP3-201ENST00000337331 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 SAMD11-202ENST00000342066 2551 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 SAMD11-217ENST00000622503 2557 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.8■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 ELP4-219ENST00000639878 1583 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 RAD1-202ENST00000341754 2341 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 REPIN1-203ENST00000444957 2969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 PRRX1-202ENST00000367760 2217 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 ELP5-202ENST00000356683 2197 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CTIF-201ENST00000256413 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 FIBP-201ENST00000338369 1261 ntTSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 KRT17P7-201ENST00000451704 1104 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AC099552.3-201ENST00000454149 367 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 TMEM176A-202ENST00000461345 635 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 RN7SL618P-201ENST00000477850 296 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AKIP1-211ENST00000534506 576 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 NUBP2-208ENST00000565987 1049 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 TP53TG3HP-202ENST00000569755 579 ntBASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AC004233.1-201ENST00000570515 608 ntTSL 4 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 NAA38-207ENST00000576861 556 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AC005544.2-201ENST00000579138 229 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 PPP1R14A-203ENST00000587515 607 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AL355974.2-201ENST00000614099 556 ntTSL 4 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 IFI27-210ENST00000616764 716 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 AL355974.2-202ENST00000617298 936 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 IFI27-213ENST00000620066 719 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 BCRP3-202ENST00000621462 1021 ntTSL 3 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 SFT2D2-204ENST00000630869 1073 ntTSL 4 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 MOAP1-202ENST00000556883 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 ASH1L-207ENST00000548830 1862 ntTSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 DPP9-AS1-201ENST00000381796 3071 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CAMKK2-211ENST00000538733 5175 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 LRRC14-205ENST00000529022 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 PFKP-202ENST00000381075 2769 ntTSL 2 BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 ABCB10-201ENST00000344517 3857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.79■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 FBLIM1-206ENST00000441801 1543 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CHKA-201ENST00000265689 2530 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 POLR3E-203ENST00000418581 2529 ntTSL 2 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 RAB15-203ENST00000533601 3515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 DNAJC7-201ENST00000316603 1468 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 PRRT3-202ENST00000411976 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 KLHDC8A-205ENST00000539253 2931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 COQ8A-201ENST00000366777 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 ARNT-212ENST00000515192 2892 ntTSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 DARS-201ENST00000264161 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 CU639417.3-201ENST00000624240 1404 ntBASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 PTHLH-201ENST00000201015 1872 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 ZBTB44-201ENST00000357899 2781 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 ATXN7-210ENST00000487717 3683 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
CCDC3Q9BQI4 GPS1-226ENST00000623691 1839 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.78■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.5 ms