Protein–RNA interactions for Protein: Q9UN37

VPS4A, Vacuolar protein sorting-associated protein 4A, humanhuman

Predictions only

Length 437 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS4AQ9UN37 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
VPS4AQ9UN37 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS4AQ9UN37 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS4AQ9UN37 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS4AQ9UN37 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS4AQ9UN37 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS4AQ9UN37 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS4AQ9UN37 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
VPS4AQ9UN37 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
VPS4AQ9UN37 DCAF15-201ENST00000254337 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
VPS4AQ9UN37 AC093323.1-202ENST00000635031 2045 ntBASIC22.64■■□□□ 1.22
VPS4AQ9UN37 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 SCTR-201ENST00000019103 1865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC22.63■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 MAZ-203ENST00000545521 2333 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 FOXP4-203ENST00000373060 5948 ntTSL 5 BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 FOXP4-204ENST00000373063 5910 ntTSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.62■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.61■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 MAGI2-208ENST00000522391 4878 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 PICALM-202ENST00000393346 2340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 SNCB-201ENST00000310112 1383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
VPS4AQ9UN37 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC22.58■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 RGS19-201ENST00000332298 1510 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 ATPAF1-213ENST00000574428 1760 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 ITM2C-203ENST00000335005 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 FAM57A-202ENST00000308278 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 MFSD5-201ENST00000329548 1760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 DYRK2-203ENST00000393555 2209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 CASP9-201ENST00000333868 2019 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 AGBL5-201ENST00000323064 2382 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 AC018755.3-202ENST00000596210 929 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
VPS4AQ9UN37 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.3 ms