Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZC9

SMARCAL1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily A-like protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 954 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCAL1Q9NZC9 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 RANBP10-206ENST00000602677 2374 ntTSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 DACT3-201ENST00000300875 2526 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
SMARCAL1Q9NZC9 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 HRH3-202ENST00000340177 2659 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 AL118558.1-203ENST00000553701 447 ntTSL 3 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 AL137002.2-201ENST00000639766 2238 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 KLC1-201ENST00000246489 2294 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 KLC1-224ENST00000557450 2265 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 LTBP3-212ENST00000529189 1997 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 ALG1L9P-201ENST00000508969 2165 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 ZFAND4-205ENST00000374371 2283 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 EPB41L4B-202ENST00000374566 5800 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 ZSCAN18-212ENST00000600404 1934 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 MEIS3-204ENST00000558555 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
SMARCAL1Q9NZC9 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 CCNJL-201ENST00000257536 1848 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 PLEKHO1-202ENST00000369126 1809 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 CACTIN-AS1-201ENST00000592274 1913 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 TMEM64-201ENST00000418210 4663 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 ME2-208ENST00000638937 2471 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 DAZAP1-201ENST00000233078 2160 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 DGAT1-201ENST00000332324 1473 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 CDH23-206ENST00000398842 1759 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
SMARCAL1Q9NZC9 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.6 ms