Protein–RNA interactions for Protein: Q9NY46

SCN3A, Sodium channel protein type 3 subunit alpha, humanhuman

Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN3AQ9NY46 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 FBXW5-201ENST00000325285 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 C8orf58-206ENST00000614574 1955 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 ARHGAP29-202ENST00000370217 2043 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 DNAH9-209ENST00000579828 1986 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 OXLD1-203ENST00000571503 803 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 MMP25-AS1-209ENST00000576250 779 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 FAM124A-201ENST00000280057 2104 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 AL355490.1-201ENST00000445808 805 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 TSPAN10-204ENST00000611590 1068 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
SCN3AQ9NY46 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 PINK1-201ENST00000321556 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 CDCA5-202ENST00000404147 1012 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 FPGS-221ENST00000630236 2160 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 CADM4-201ENST00000222374 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 HAS1-205ENST00000601714 2086 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 PTH1R-206ENST00000430002 1947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 FNTA-201ENST00000302279 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 WIPI2-202ENST00000382384 1948 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
SCN3AQ9NY46 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 EPM2A-202ENST00000435470 1278 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
SCN3AQ9NY46 AL121906.1-201ENST00000606866 440 ntTSL 3 BASIC22.33■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.9 ms