Protein–RNA interactions for Protein: Q9NUW8

TDP1, Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1, humanhuman

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Length 608 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TDP1Q9NUW8 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 PHF23-212ENST00000576955 1944 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC24.53■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 TNFSF12-TNFSF13-201ENST00000293826 1816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
TDP1Q9NUW8 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 LCNL1-201ENST00000408973 1839 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC24.5■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 PEX26-202ENST00000399744 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 EVA1C-201ENST00000300255 1998 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC24.49■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 SERF1A-202ENST00000354833 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 SERF1B-201ENST00000380750 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 ERN1-208ENST00000606895 2068 ntBASIC24.47■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 TWF2-201ENST00000305533 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 AC096887.2-201ENST00000623443 1957 ntBASIC24.45■■□□□ 1.51
TDP1Q9NUW8 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 MIR663AHG-233ENST00000609248 830 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.45■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.44■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 WIPI2-204ENST00000404704 1663 ntTSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 EIF3J-203ENST00000535391 925 ntTSL 2 BASIC24.44■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC24.44■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 P2RX4-203ENST00000359949 1836 ntTSL 5 BASIC24.43■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC24.43■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC24.42■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.42■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC24.4■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 DHRS11-215ENST00000618403 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
TDP1Q9NUW8 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
TDP1Q9NUW8 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
TDP1Q9NUW8 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC24.39■■□□□ 1.49
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