Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4W6

EBF3, Transcription factor COE3, humanhuman

Predictions only

Length 596 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
EBF3Q9H4W6 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
EBF3Q9H4W6 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
EBF3Q9H4W6 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
EBF3Q9H4W6 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
EBF3Q9H4W6 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
EBF3Q9H4W6 TOMM40-203ENST00000426677 1725 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
EBF3Q9H4W6 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
EBF3Q9H4W6 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
EBF3Q9H4W6 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
EBF3Q9H4W6 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
EBF3Q9H4W6 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
EBF3Q9H4W6 CCDC71L-201ENST00000315965 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
EBF3Q9H4W6 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
EBF3Q9H4W6 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
EBF3Q9H4W6 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
EBF3Q9H4W6 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
EBF3Q9H4W6 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
EBF3Q9H4W6 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
EBF3Q9H4W6 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
EBF3Q9H4W6 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC24.58■■□□□ 1.53
EBF3Q9H4W6 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
EBF3Q9H4W6 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
EBF3Q9H4W6 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.56■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC24.56■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC24.55■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 NFU1-203ENST00000410022 1467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC24.54■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
EBF3Q9H4W6 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 SLC52A2-208ENST00000527078 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 SPG21-201ENST00000204566 1822 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC24.48■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC24.47■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 PAPD7-201ENST00000230859 5459 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 GTF2E2-201ENST00000355904 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.51
EBF3Q9H4W6 PORCN-202ENST00000355961 1848 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
EBF3Q9H4W6 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.45■■□□□ 1.5
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms