Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.1■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC36.09■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC36.09■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 HMX3-201ENST00000357878 1173 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.08■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC36.08■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.37
TCOF1Q13428 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC36.07■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC36.06■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC36.05■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC36.05■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC36.05■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC36.05■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC36.05■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC36.05■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.05■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.04■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC36.04■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.04■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC36.04■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC36.04■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC36.04■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC36.04■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.03■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 KRT125P-201ENST00000546827 989 ntBASIC36.03■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC36.02■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC36.01■■■■□ 3.36
TCOF1Q13428 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC36■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC36■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC35.99■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC35.99■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.99■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC35.99■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC35.98■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC35.98■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.98■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.97■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC35.97■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.97■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC35.97■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC35.97■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.97■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 BAMBI-201ENST00000375533 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.97■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC35.97■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 AC092803.2-201ENST00000564287 1899 ntBASIC35.96■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.96■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.96■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.96■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 TCEA1-211ENST00000522635 1432 ntTSL 2 BASIC35.96■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 FBXL20-203ENST00000577399 1620 ntTSL 5 BASIC35.95■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.35
TCOF1Q13428 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC35.95■■■■□ 3.34
TCOF1Q13428 TMIE-201ENST00000326431 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
TCOF1Q13428 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.94■■■■□ 3.34
TCOF1Q13428 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC35.94■■■■□ 3.34
TCOF1Q13428 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.94■■■■□ 3.34
TCOF1Q13428 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC35.94■■■■□ 3.34
TCOF1Q13428 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC35.93■■■■□ 3.34
TCOF1Q13428 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
TCOF1Q13428 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.93■■■■□ 3.34
TCOF1Q13428 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC35.93■■■■□ 3.34
TCOF1Q13428 AC018413.1-201ENST00000581996 1200 ntTSL 2 BASIC35.92■■■■□ 3.34
TCOF1Q13428 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC35.92■■■■□ 3.34
TCOF1Q13428 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC35.92■■■■□ 3.34
TCOF1Q13428 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC35.92■■■■□ 3.34
TCOF1Q13428 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.91■■■■□ 3.34
TCOF1Q13428 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC35.91■■■■□ 3.34
TCOF1Q13428 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC35.91■■■■□ 3.34
TCOF1Q13428 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC35.9■■■■□ 3.34
TCOF1Q13428 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC35.9■■■■□ 3.34
TCOF1Q13428 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC35.9■■■■□ 3.34
TCOF1Q13428 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC35.9■■■■□ 3.34
TCOF1Q13428 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
TCOF1Q13428 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC35.89■■■■□ 3.34
TCOF1Q13428 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC35.89■■■■□ 3.34
TCOF1Q13428 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC35.89■■■■□ 3.34
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