Protein–RNA interactions for Protein: Q02388

COL7A1, Collagen alpha-1(VII) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,944 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL7A1Q02388 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC17.24■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 DENND3-207ENST00000518347 850 ntTSL 2 BASIC17.24■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 ARHGDIA-217ENST00000584461 886 ntTSL 2 BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.23■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 NRG3-203ENST00000404547 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 TNFRSF6B-201ENST00000369996 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.22■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 ANKRD20A11P-201ENST00000344693 1088 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.21■□□□□ 0.35
COL7A1Q02388 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 SLC39A3-201ENST00000269740 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 CEP104-201ENST00000378223 1121 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 LRFN4-202ENST00000393952 1550 ntTSL 5 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC17.2■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC17.2■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC17.19■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 FGF22-201ENST00000215530 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 BHLHA9-201ENST00000391429 902 ntAPPRIS P1 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 CLTA-206ENST00000466396 695 ntTSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.19■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 NAA38-201ENST00000333775 999 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.18■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC17.17■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 CDK2AP1-201ENST00000261692 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 AGAP3-211ENST00000473312 2039 ntTSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.17■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.16■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 LLGL2-202ENST00000375227 1374 ntTSL 1 (best) BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.15■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.34
COL7A1Q02388 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC17.14■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC17.14■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.13■□□□□ 0.33
COL7A1Q02388 KAT5-208ENST00000530446 1697 ntTSL 1 (best) BASIC17.12■□□□□ 0.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 45.5 ms