Protein–RNA interactions for Protein: P62684

HERVK_113, Endogenous retrovirus group K member 113 Gag polyprotein, humanhuman

Predictions only

Length 666 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HERVK_113P62684 CTU1-201ENST00000421832 2087 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.55■■■□□ 2
HERVK_113P62684 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
HERVK_113P62684 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC27.55■■■□□ 2
HERVK_113P62684 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC27.55■■■□□ 2
HERVK_113P62684 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.55■■■□□ 2
HERVK_113P62684 RPP21-222ENST00000433076 577 ntTSL 2 BASIC27.54■■■□□ 2
HERVK_113P62684 AC009531.1-201ENST00000442323 580 ntTSL 4 BASIC27.54■■■□□ 2
HERVK_113P62684 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC27.54■■■□□ 2
HERVK_113P62684 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.54■■■□□ 2
HERVK_113P62684 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
HERVK_113P62684 IL15RA-214ENST00000525219 1850 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
HERVK_113P62684 PPP1R3F-205ENST00000495799 1537 ntTSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
HERVK_113P62684 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.53■■■□□ 2
HERVK_113P62684 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC27.53■■■□□ 2
HERVK_113P62684 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
HERVK_113P62684 AMH-201ENST00000221496 1821 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.53■■■□□ 2
HERVK_113P62684 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
HERVK_113P62684 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
HERVK_113P62684 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
HERVK_113P62684 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
HERVK_113P62684 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.52■■■□□ 2
HERVK_113P62684 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC27.52■■■□□ 2
HERVK_113P62684 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC27.52■■■□□ 2
HERVK_113P62684 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
HERVK_113P62684 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC27.52■■■□□ 2
HERVK_113P62684 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC27.52■■■□□ 2
HERVK_113P62684 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC27.52■■■□□ 2
HERVK_113P62684 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 ARPC4-208ENST00000498623 942 ntTSL 2 BASIC27.51■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC27.51■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC27.51■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.51■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC27.5■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC27.5■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC27.5■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 RAB20-201ENST00000267328 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.5■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC27.49■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC27.48■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 HNRNPAB-208ENST00000515193 1595 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.48■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC27.47■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC27.47■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.47■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC27.47■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 MAST4-205ENST00000406039 717 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC27.46■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.99
HERVK_113P62684 LSM4-201ENST00000252816 986 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
HERVK_113P62684 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC27.45■■□□□ 1.98
HERVK_113P62684 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC27.45■■□□□ 1.98
HERVK_113P62684 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
HERVK_113P62684 TNFRSF25-201ENST00000348333 1119 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
HERVK_113P62684 TNFRSF25-202ENST00000351748 705 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
HERVK_113P62684 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
HERVK_113P62684 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
HERVK_113P62684 RALB-208ENST00000631312 311 ntTSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
HERVK_113P62684 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
HERVK_113P62684 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
HERVK_113P62684 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
HERVK_113P62684 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC27.43■■□□□ 1.98
HERVK_113P62684 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
HERVK_113P62684 NAXE-201ENST00000368233 1012 ntTSL 2 BASIC27.43■■□□□ 1.98
HERVK_113P62684 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
HERVK_113P62684 KRTAP5-1-201ENST00000382171 942 ntAPPRIS P1 BASIC27.42■■□□□ 1.98
HERVK_113P62684 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
HERVK_113P62684 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
HERVK_113P62684 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC27.42■■□□□ 1.98
HERVK_113P62684 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
HERVK_113P62684 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC27.42■■□□□ 1.98
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 51.9 ms