Protein–RNA interactions for Protein: P58872

RHBDL3, Rhomboid-related protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 404 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RHBDL3P58872 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 AC073934.1-201ENST00000490314 495 ntTSL 4 BASIC28.32■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC28.31■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 GUCD1-202ENST00000402766 865 ntTSL 2 BASIC28.31■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC28.31■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 C16orf87-201ENST00000285697 1585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 ZNF747-203ENST00000568028 1511 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC28.3■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC28.29■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 PLEKHJ1-213ENST00000591099 1092 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 MROH6-211ENST00000534459 1789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 BIN1-211ENST00000409400 2143 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC28.28■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 SRP68-202ENST00000539137 2386 ntTSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.27■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC28.27■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 H2AFB1-201ENST00000620016 587 ntAPPRIS P1 BASIC28.27■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.12
RHBDL3P58872 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 SHISA5-201ENST00000296444 2369 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 FEZ2-204ENST00000405912 1931 ntTSL 1 (best) BASIC28.26■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC28.25■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC28.25■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC28.24■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC28.24■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC28.24■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 AC010501.1-201ENST00000606270 1962 ntBASIC28.24■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 AQP1-202ENST00000409611 1140 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC28.23■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 MOB4-204ENST00000409360 1447 ntTSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 AC097639.1-201ENST00000565519 1891 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 DRAM2-211ENST00000539140 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC28.21■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 YRDC-201ENST00000373044 1826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 MCRIP1-210ENST00000576431 577 ntTSL 5 BASIC28.21■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.11
RHBDL3P58872 DRAP1-201ENST00000312515 989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 RCCD1-203ENST00000555155 1871 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 BICDL2-203ENST00000572449 1984 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 KAZALD1-201ENST00000370200 1913 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 CHST13-201ENST00000319340 1789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC28.16■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.15■■■□□ 2.1
RHBDL3P58872 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC28.15■■■□□ 2.1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.3 ms