Protein–RNA interactions for Protein: P43378

PTPN9, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 9, humanhuman

Predictions only

Length 593 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN9P43378 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
PTPN9P43378 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
PTPN9P43378 MEIOB-203ENST00000412554 1884 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
PTPN9P43378 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
PTPN9P43378 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC24.65■■□□□ 1.54
PTPN9P43378 FKBP1A-211ENST00000618612 1518 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
PTPN9P43378 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
PTPN9P43378 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC24.65■■□□□ 1.54
PTPN9P43378 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
PTPN9P43378 PTOV1-201ENST00000391842 1875 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
PTPN9P43378 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
PTPN9P43378 MED22-201ENST00000343730 1437 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
PTPN9P43378 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
PTPN9P43378 YPEL1-202ENST00000403503 466 ntTSL 3 BASIC24.64■■□□□ 1.54
PTPN9P43378 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.54
PTPN9P43378 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.64■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC24.64■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC24.62■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC24.62■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 TSPAN4-203ENST00000397397 1423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 PPM1J-201ENST00000309276 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 GTF2IP1-204ENST00000616377 2632 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 HOMER3-201ENST00000221222 1384 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 FUT11-202ENST00000394790 2175 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 HMG20B-202ENST00000333651 1596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 CAPNS1-216ENST00000628306 1389 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 IGFBP3-201ENST00000275521 2262 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
PTPN9P43378 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.57■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 GUK1-208ENST00000366728 842 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC24.57■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.57■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC24.57■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC24.56■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC24.56■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC24.56■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.56■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 FBXO7-206ENST00000452138 1535 ntTSL 2 BASIC24.56■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC24.55■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC24.55■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 GPR160-201ENST00000355897 2039 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 PCMT1-202ENST00000367380 1628 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 PCMT1-211ENST00000544496 1628 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 FP236240.1-201ENST00000619537 1116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
PTPN9P43378 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.7 ms