Protein–RNA interactions for Protein: P23560

BDNF, Brain-derived neurotrophic factor, humanhuman

Predictions only

Length 247 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BDNFP23560 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.02■■□□□ 1.6
BDNFP23560 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
BDNFP23560 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
BDNFP23560 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
BDNFP23560 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
BDNFP23560 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
BDNFP23560 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
BDNFP23560 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
BDNFP23560 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
BDNFP23560 FBXL6-202ENST00000455319 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
BDNFP23560 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC25.01■■□□□ 1.59
BDNFP23560 BTBD6-205ENST00000536364 1973 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
BDNFP23560 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
BDNFP23560 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC25.01■■□□□ 1.59
BDNFP23560 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
BDNFP23560 SCARA5-204ENST00000524352 1945 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
BDNFP23560 HNRNPD-203ENST00000353341 1585 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
BDNFP23560 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25■■□□□ 1.59
BDNFP23560 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
BDNFP23560 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
BDNFP23560 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
BDNFP23560 SAC3D1-201ENST00000398846 1566 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
BDNFP23560 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
BDNFP23560 SNAI3-AS1-203ENST00000565633 829 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
BDNFP23560 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
BDNFP23560 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
BDNFP23560 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
BDNFP23560 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
BDNFP23560 PRELID1-201ENST00000303204 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
BDNFP23560 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
BDNFP23560 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
BDNFP23560 FBXL8-201ENST00000258200 1658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
BDNFP23560 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
BDNFP23560 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
BDNFP23560 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
BDNFP23560 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
BDNFP23560 ERO1A-211ENST00000629528 998 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
BDNFP23560 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC24.96■■□□□ 1.59
BDNFP23560 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
BDNFP23560 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
BDNFP23560 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.58
BDNFP23560 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
BDNFP23560 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
BDNFP23560 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
BDNFP23560 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
BDNFP23560 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
BDNFP23560 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
BDNFP23560 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
BDNFP23560 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
BDNFP23560 CENPX-202ENST00000392359 805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
BDNFP23560 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.94■■□□□ 1.58
BDNFP23560 POLE2-201ENST00000216367 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
BDNFP23560 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
BDNFP23560 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
BDNFP23560 GBX1-201ENST00000297537 1092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
BDNFP23560 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
BDNFP23560 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
BDNFP23560 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
BDNFP23560 LRRC14B-201ENST00000328278 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
BDNFP23560 TSPOAP1-AS1-205ENST00000580022 2337 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
BDNFP23560 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
BDNFP23560 BRI3-201ENST00000297290 780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
BDNFP23560 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
BDNFP23560 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
BDNFP23560 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
BDNFP23560 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
BDNFP23560 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
BDNFP23560 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
BDNFP23560 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
BDNFP23560 TMEM260-202ENST00000538838 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
BDNFP23560 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
BDNFP23560 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
BDNFP23560 LURAP1L-201ENST00000319264 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
BDNFP23560 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
BDNFP23560 HTRA2-202ENST00000352222 1450 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
BDNFP23560 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
BDNFP23560 SLC35B2-204ENST00000537814 1715 ntTSL 2 BASIC24.9■■□□□ 1.58
BDNFP23560 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
BDNFP23560 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC24.9■■□□□ 1.58
BDNFP23560 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
BDNFP23560 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC24.9■■□□□ 1.58
BDNFP23560 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC24.9■■□□□ 1.58
BDNFP23560 CIRBP-216ENST00000588090 1459 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC24.89■■□□□ 1.58
BDNFP23560 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.89■■□□□ 1.58
BDNFP23560 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
BDNFP23560 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
BDNFP23560 SSSCA1-AS1-201ENST00000567594 614 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
BDNFP23560 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
BDNFP23560 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC24.89■■□□□ 1.58
BDNFP23560 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
BDNFP23560 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.57
BDNFP23560 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC24.88■■□□□ 1.57
BDNFP23560 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
BDNFP23560 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
BDNFP23560 GAK-223ENST00000628912 497 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
BDNFP23560 TSPAN4-202ENST00000397396 1332 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
BDNFP23560 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
BDNFP23560 RPUSD1-201ENST00000007264 2050 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.87■■□□□ 1.57
BDNFP23560 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
BDNFP23560 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.6 ms