Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VIMP08670 ECI1-203ENST00000562238 948 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VIMP08670 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
VIMP08670 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
VIMP08670 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
VIMP08670 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VIMP08670 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VIMP08670 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VIMP08670 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
VIMP08670 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VIMP08670 ARHGAP27-207ENST00000528273 2319 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VIMP08670 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VIMP08670 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
VIMP08670 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VIMP08670 NKIRAS2-202ENST00000316082 833 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VIMP08670 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VIMP08670 CIB2-204ENST00000557846 934 ntTSL 3 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VIMP08670 CCSAP-201ENST00000284617 5121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VIMP08670 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
VIMP08670 PGF-203ENST00000553716 1699 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VIMP08670 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VIMP08670 LGR4-201ENST00000379214 5206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
VIMP08670 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC23.56■■□□□ 1.36
VIMP08670 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VIMP08670 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VIMP08670 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VIMP08670 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VIMP08670 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
VIMP08670 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VIMP08670 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VIMP08670 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC23.55■■□□□ 1.36
VIMP08670 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
VIMP08670 RNF40-201ENST00000324685 5634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
VIMP08670 TSSK1B-201ENST00000390666 2478 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VIMP08670 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VIMP08670 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VIMP08670 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VIMP08670 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VIMP08670 WT1-204ENST00000448076 2114 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
VIMP08670 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VIMP08670 CYP4V2-201ENST00000378802 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
VIMP08670 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VIMP08670 POLR2J2-202ENST00000358438 2065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VIMP08670 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VIMP08670 ELOC-206ENST00000520242 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VIMP08670 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VIMP08670 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VIMP08670 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
VIMP08670 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VIMP08670 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
VIMP08670 CEND1-201ENST00000330106 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VIMP08670 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VIMP08670 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VIMP08670 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VIMP08670 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VIMP08670 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VIMP08670 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
VIMP08670 VEGFA-226ENST00000611736 1239 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VIMP08670 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VIMP08670 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
VIMP08670 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VIMP08670 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VIMP08670 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VIMP08670 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VIMP08670 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
VIMP08670 SLC25A29-202ENST00000392908 2242 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
VIMP08670 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VIMP08670 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VIMP08670 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VIMP08670 PGAM5-201ENST00000317555 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VIMP08670 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VIMP08670 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VIMP08670 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VIMP08670 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
VIMP08670 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VIMP08670 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
VIMP08670 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VIMP08670 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
VIMP08670 MOGS-202ENST00000409065 2668 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VIMP08670 LRRC75A-201ENST00000409083 2656 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VIMP08670 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
VIMP08670 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VIMP08670 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VIMP08670 NTN1-201ENST00000173229 5954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VIMP08670 RGS7-204ENST00000366565 2494 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
VIMP08670 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VIMP08670 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VIMP08670 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VIMP08670 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VIMP08670 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VIMP08670 DUX4L28-201ENST00000623687 678 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
VIMP08670 NCK2-201ENST00000233154 2683 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
VIMP08670 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VIMP08670 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
VIMP08670 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VIMP08670 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VIMP08670 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VIMP08670 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
VIMP08670 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
VIMP08670 BIN1-202ENST00000316724 2693 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.1 ms