Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 TBXAS1-210ENST00000458722 2057 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 ZNF446-201ENST00000335841 1889 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 HSF5-201ENST00000323777 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 LIMK2-203ENST00000340552 2789 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 TOMM70-201ENST00000284320 4409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 FHAD1-205ENST00000375997 1459 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 VCX-202ENST00000381059 967 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 CEP19-201ENST00000399942 1172 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 FAM8A3P-201ENST00000427218 844 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 PRRT3-AS1-201ENST00000431558 614 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 RAB7A-204ENST00000483906 533 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 AP002490.2-201ENST00000524791 560 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 AL138918.1-201ENST00000568306 659 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 MOB3A-209ENST00000592280 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 NOX4-215ENST00000534731 2156 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 IGSF8-205ENST00000614243 2191 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 AL671710.1-201ENST00000610245 2349 ntBASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 NEK3-206ENST00000611833 2345 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 ELF2-201ENST00000358635 3036 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 VARS2-212ENST00000542001 4064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 GSS-201ENST00000216951 1922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 SMTNL2-201ENST00000338859 1919 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 ALDH3A1-212ENST00000494157 1572 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 PTPRO-209ENST00000543886 2070 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 FGFBP1-201ENST00000382333 1359 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 WDR45-240ENST00000635003 1376 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 AC018716.2-201ENST00000528390 2597 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 ASIC3-203ENST00000357922 2232 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 SLC22A12-201ENST00000336464 1854 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 NQO2-201ENST00000338130 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 AFTPH-202ENST00000238856 4040 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 CDKN2B-AS1-208ENST00000580576 2175 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 CLDN11-201ENST00000064724 2169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 RREB1-204ENST00000379938 8778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 PACSIN2-204ENST00000403744 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 RTN1-201ENST00000267484 3435 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 USB1-201ENST00000219281 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 AC011473.4-202ENST00000250366 1602 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 DMTN-201ENST00000265800 2554 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 DMTN-207ENST00000517305 2551 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 C16orf71-204ENST00000590191 2564 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 WBP2-201ENST00000254806 1944 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 BATF2-202ENST00000435842 1949 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 CDK4-201ENST00000257904 2076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 DOLK-201ENST00000372586 2090 ntAPPRIS P1 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 NKG7-201ENST00000221978 843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 LSM1-201ENST00000311351 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 AURKAIP1-201ENST00000321751 798 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 AC021188.1-201ENST00000421534 740 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 AC107890.1-201ENST00000422478 521 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 SPDYE14P-201ENST00000442619 822 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 ITGA9-AS1-209ENST00000450990 562 ntTSL 4 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 AP001471.1-201ENST00000454245 672 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 SLC50A1-209ENST00000484157 886 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 AGGF1-204ENST00000506806 1142 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 AC093214.1-201ENST00000511688 1107 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 AC105233.2-201ENST00000523697 349 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 AF228730.5-201ENST00000530288 346 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 DUT-210ENST00000559935 569 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 NKG7-205ENST00000600427 520 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 AC013467.2-201ENST00000605472 835 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 CBR3-AS1-216ENST00000624883 564 ntTSL 3 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 RAB34-224ENST00000636513 888 ntTSL 5 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 AC084121.4-201ENST00000641598 221 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 AF228730.8-201ENST00000642140 221 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 PDPK2P-201ENST00000382326 2387 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 OSGIN2-202ENST00000451899 4266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 AC008677.1-201ENST00000519230 1561 ntBASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 BLOC1S5-202ENST00000397457 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 AES-201ENST00000221561 1884 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 GYG1-201ENST00000296048 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 MVB12B-201ENST00000361171 4819 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 FOXJ2-201ENST00000162391 5523 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 PDE4C-202ENST00000355502 5979 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 SNRPF-201ENST00000266735 1389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 CCNA1-203ENST00000625767 1699 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 SAP130-203ENST00000357702 4173 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 CASC2-203ENST00000435944 3270 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 WDR81-206ENST00000446363 2968 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 BCS1L-212ENST00000439945 1483 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 PCGF2-206ENST00000618941 1499 ntTSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 ZDHHC19-201ENST00000296326 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 SYNM-201ENST00000328642 3960 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 MAP3K1-201ENST00000399503 7011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 ZFYVE19-203ENST00000355341 2775 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 DKFZP434K028-202ENST00000536405 2466 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 MED29-204ENST00000599213 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 WLS-202ENST00000354777 2037 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 POC1A-201ENST00000296484 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 PRMT2-208ENST00000451211 1878 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 ISM1-201ENST00000262487 2593 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 FUT7-201ENST00000314412 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 MATN3-202ENST00000421259 1443 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 DYNLL1-201ENST00000242577 720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 CBX2-201ENST00000269399 1061 ntTSL 1 (best) BASIC15.72■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 DGKZ-202ENST00000343674 3816 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 MIR346-201ENST00000362234 95 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 C6orf52-202ENST00000379586 430 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.72■□□□□ 0.11
CLIP3Q96DZ5 MIR943-201ENST00000401286 94 ntBASIC15.72■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.6 ms