Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 HDAC11-201ENST00000295757 2960 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 KCNJ14-201ENST00000342291 2960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 SHC1-204ENST00000368450 3059 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 SHC1-205ENST00000368453 3062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 RAF1-205ENST00000442415 3085 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 ZNF713-202ENST00000429591 4339 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 MCM3AP-AS1-202ENST00000420074 1947 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 ABHD14B-201ENST00000315877 2236 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 M6PR-202ENST00000536844 2305 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 ZNF365-205ENST00000395254 4173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 ZFAND2A-201ENST00000316495 860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 HYI-201ENST00000372425 1265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 FXN-203ENST00000396366 922 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 ZFAND2A-203ENST00000401903 968 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 BECN2-201ENST00000419583 1296 ntAPPRIS P1 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 AL450487.1-201ENST00000426799 995 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 LINC01128-207ENST00000449005 874 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 MRPL2-208ENST00000489623 570 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 CSRP1-214ENST00000531916 890 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 AP1S2-206ENST00000545766 576 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 ZNF554-204ENST00000591265 1148 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 AC010463.1-201ENST00000596542 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 AGPAT2-205ENST00000538402 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 YPEL1-201ENST00000339468 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 AC083864.1-201ENST00000381493 1497 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 LINC01118-203ENST00000479311 1588 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 THTPA-203ENST00000554789 1595 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 AC012507.2-203ENST00000415628 1765 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 PI16-203ENST00000611814 2083 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 CCDC144B-202ENST00000445752 2197 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 ELMO3-201ENST00000360833 2480 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 AC138904.3-201ENST00000635780 2681 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 C18orf25-206ENST00000619301 5264 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 DSE-202ENST00000359564 4037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 RALGDS-202ENST00000372050 3634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 PAK4-205ENST00000593690 3025 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 GALNTL6-205ENST00000511251 2905 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 PCED1B-202ENST00000546455 2328 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 ACP2-201ENST00000256997 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 ASAH1-254ENST00000637636 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 FLAD1-203ENST00000315144 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 CBWD1-202ENST00000356521 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 AC131009.4-201ENST00000624048 1740 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 TMBIM7P-203ENST00000641617 1718 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 EIF4G1-203ENST00000350481 4990 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 SEMA3G-201ENST00000231721 4899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 ACOT7-204ENST00000377855 1614 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 CASC2-203ENST00000435944 3270 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 P3H1-201ENST00000236040 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 ITGBL1-207ENST00000622834 2369 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 RTEL1-205ENST00000370018 4955 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 LINC01010-201ENST00000431422 2069 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 PHF14-215ENST00000634607 3407 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 AFF4-201ENST00000265343 9552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 NPM2-203ENST00000397940 1874 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 CPEB2-209ENST00000538197 6878 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 SLC4A9-203ENST00000506545 2838 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 AC068888.1-203ENST00000546566 1650 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 CDH24-202ENST00000397359 3552 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 ABHD14B-204ENST00000461108 1397 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 AURKAIP1-202ENST00000338338 1047 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 PDLIM7-205ENST00000393551 1226 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 AL603832.1-201ENST00000421943 449 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 AC096582.2-201ENST00000510860 516 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 ANKRD34C-AS1-203ENST00000559225 528 ntTSL 4 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 CYB561-217ENST00000582997 877 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 AC020765.3-201ENST00000613051 740 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 AL117335.1-203ENST00000619200 948 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 PTENP1-AS-201ENST00000627688 873 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 NPAS4-204ENST00000639555 878 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 HSP90B1-211ENST00000640977 1127 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 BAG4-201ENST00000287322 4453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 THOC5-202ENST00000397871 2560 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 ALKBH5-203ENST00000541285 1605 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 AC079776.2-201ENST00000641154 1609 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 OPA1-208ENST00000392438 6340 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 MAGI1-201ENST00000330909 7415 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 PITPNM2-202ENST00000320201 6736 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 AC020658.6-201ENST00000623564 1870 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 GJA8-201ENST00000369235 1302 ntAPPRIS P1 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 MMAB-204ENST00000537236 1342 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 NAXD-202ENST00000424185 2311 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 AC136621.1-201ENST00000624017 2304 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 SYT5-201ENST00000354308 3792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 PHTF1-202ENST00000369598 3000 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 PGR-210ENST00000619228 3038 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 ITSN1-210ENST00000399353 3913 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 ADAMTS14-202ENST00000373208 5269 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 HIPK4-201ENST00000291823 2452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 BID-201ENST00000317361 2495 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 MED15-202ENST00000292733 3252 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 TSPAN12-202ENST00000415871 1495 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 DPH6-AS1-201ENST00000501169 1477 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 TTLL13P-202ENST00000438251 2738 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 TMTC1-206ENST00000551659 4228 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 SYBU-219ENST00000528647 2995 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 FAM237A-203ENST00000543490 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 TLCD1-201ENST00000292090 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 LRRN1-201ENST00000319331 3823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
CCDC112Q8NEF3 FUOM-202ENST00000368551 628 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.8 ms