Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 LRRC58-201ENST00000295628 7903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 MAST3-201ENST00000262811 5896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 GATB-209ENST00000512306 1519 ntTSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 NDRG1-202ENST00000414097 3755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 MPPED1-202ENST00000417669 3657 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 EPS8L2-201ENST00000318562 3148 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 HIST1H2AC-202ENST00000377791 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 NSMF-205ENST00000371474 3571 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 LONRF1-201ENST00000398246 3594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 NSMF-208ENST00000437259 3577 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 GFOD2-201ENST00000268797 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 AL445931.1-201ENST00000412181 2112 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 ADAMTSL4-204ENST00000369041 2908 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 GPR108-202ENST00000430424 2009 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 SLC1A7-204ENST00000611397 2499 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 SLC9A5-201ENST00000299798 3736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 EPHA10-203ENST00000427468 3167 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 FOXP3-202ENST00000376199 2274 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 TRIM24-201ENST00000343526 8410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 POC1B-202ENST00000393179 3096 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 MEIS3-206ENST00000559524 1828 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 MIER1-205ENST00000371014 1728 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 SURF4-207ENST00000545297 2863 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 GIT2-220ENST00000553118 2424 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 TMC4-209ENST00000617472 2413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 CA4-201ENST00000300900 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 TSSC4-202ENST00000380992 992 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 AMACR-202ENST00000382068 862 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 IL32-205ENST00000396890 1067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 LBH-203ENST00000404397 543 ntTSL 4 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 CYTH4-203ENST00000405206 636 ntTSL 4 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 GRTP1-AS1-201ENST00000419199 867 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 AC093724.1-201ENST00000448659 1027 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 POU5F1P6-201ENST00000466990 990 ntBASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 MLF1-210ENST00000484955 1247 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 DAD1-205ENST00000543337 501 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 IL32-233ENST00000552664 731 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 AP000894.3-201ENST00000582554 351 ntTSL 5 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 AC010615.2-202ENST00000597444 832 ntTSL 3 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 SNX9-201ENST00000392185 4198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 AC100830.1-201ENST00000560387 1609 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 AC009292.1-201ENST00000502156 1986 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 CDC25C-207ENST00000513970 1968 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 CTCFL-215ENST00000608158 1984 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 ABLIM2-201ENST00000341937 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 MAPK3-212ENST00000484663 2567 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 ARFGAP1-210ENST00000519273 3176 ntTSL 2 BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 TSPAN3-201ENST00000267970 6467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 TAP2-202ENST00000374899 2497 ntTSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 CKAP4-201ENST00000378026 3093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 SFRP2-201ENST00000274063 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 PRPF40B-201ENST00000261897 3602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.92■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 ZFAND6-201ENST00000261749 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 CD1E-213ENST00000444681 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 PDZD4-202ENST00000393758 3763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 IER2-203ENST00000588173 2934 ntAPPRIS P1 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 HCG18-233ENST00000412685 2552 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 TMC7-201ENST00000304381 3640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 NDUFV1-216ENST00000529927 1503 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 AC073324.2-201ENST00000626532 2941 ntTSL 4 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 LARP4B-211ENST00000612396 8546 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 TMEM270-201ENST00000320531 854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 PPP1R27-201ENST00000330261 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 HIST1H4J-201ENST00000355057 373 ntAPPRIS P1 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 FAM24B-201ENST00000368896 704 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 FAM58DP-201ENST00000428076 619 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 METTL21AP1-201ENST00000438852 635 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 AC007364.1-201ENST00000449714 1022 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 AC108047.1-201ENST00000457407 404 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 HLA-J-203ENST00000494367 1087 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 VASH2-211ENST00000517399 1068 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 RPL13-214ENST00000567815 712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 AC217774.2-201ENST00000580347 560 ntTSL 4 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 AC005759.1-201ENST00000594805 855 ntTSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 GALNT14-201ENST00000324589 2169 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 SATB1-201ENST00000338745 7810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 GOLGA2P3Y-201ENST00000416946 1653 ntBASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 PHACTR3-204ENST00000371015 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 OTX1-201ENST00000282549 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 OTX1-202ENST00000366671 2861 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 LONRF3-203ENST00000422289 2898 ntTSL 2 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 SHOX-201ENST00000334060 1951 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 HAPLN3-201ENST00000359595 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 ETV2-204ENST00000403402 1335 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 BEND4-201ENST00000502486 8765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 BEND4-202ENST00000504360 8692 ntTSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 TRIM46-203ENST00000368383 2666 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 RGS7-203ENST00000366564 2295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 IL3RA-202ENST00000381469 1476 ntTSL 5 BASIC15.91■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 PLIN1-201ENST00000300055 2953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 ARHGEF1-204ENST00000378152 2986 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 ST3GAL2-201ENST00000342907 4450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 CYP46A1-201ENST00000261835 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 C16orf71-201ENST00000299320 2722 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 PSMD2-201ENST00000310118 3449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 EIF5A-206ENST00000571955 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 RAP2C-201ENST00000342983 3896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 NFYC-210ENST00000425457 1536 ntTSL 2 BASIC15.9■□□□□ 0.14
SHMT2P34897 KRT35-202ENST00000393989 1670 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.9■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 89.1 ms